在计算公司辞退员工时的平均工资，若该员工有6个月的医疗期，平均工资的计算应包含这6个月医疗期内的工资或工资性收入，但具体计算方式需根据医疗期内的实际支付情况来确定。以下从不同角度详细分析：

一、医疗期内工资支付的一般原则

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及相关劳动法律法规，员工在医疗期内，企业应按照一定标准支付其病假工资或疾病救济费。这个标准通常不低于当地最低工资标准的80%，具体比例可能因地区和企业政策而异。因此，在计算平均工资时，这6个月医疗期内的工资或工资性收入（如病假工资、疾病救济费等）应被纳入考虑范围。

二、平均工资的计算方法

平均工资的计算通常涉及员工在一定时期内（如12个月）的工资总额除以该时期内的月数。在计算包含医疗期的平均工资时，应确保将医疗期内的所有工资或工资性收入都计入工资总额，并按照实际月数（包括医疗期月数）进行平均。

计算公式：

\(平均工资 = \frac{（医疗期前工资总额 + 医疗期内工资总额）}{（医疗期前月数 + 医疗期内月数）}\)

其中，医疗期内工资总额应根据实际支付的病假工资或疾病救济费等计算。

三、特殊情况下的处理

1. 医疗期内工资支付低于最低标准：如果企业在医疗期内支付的工资低于当地最低工资标准的80%，那么在计算平均工资时，应按照不低于最低工资标准80%的数额来计算医疗期内的工资性收入。这是为了保护员工的合法权益，确保其在医疗期内的基本生活需求得到满足。

2. 医疗期与解除劳动合同的关系：如果员工在医疗期内被企业辞退，且辞退行为被认定为违法解除劳动合同，那么企业在计算赔偿金时，应按照员工在劳动合同解除前十二个月的平均工资来计算。这个平均工资应包含医疗期内的工资或工资性收入。

四、实际操作建议

1. 收集证据：员工在面临此类情况时，应收集好与工资支付、医疗期相关的所有证据，如工资条、病假证明、劳动合同等，以便在需要时证明自己的权益。

2. 咨询专业律师：由于劳动法律法规的复杂性和地区性差异，员工在面临具体问题时，最好咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。

举例说明：

假设某员工在医疗期前工作了6个月，月平均工资为5000元；医疗期内工作了6个月，月病假工资为当地最低工资标准的80%（假设为2000元）。那么，该员工在计算平均工资时，应将医疗期前和医疗期内的工资总额相加，然后除以12个月：

\(平均工资 = \frac{（5000元/月 \times 6月 + 2000元/月 \times 6月）}{12月} = 3500元/月\)

因此，在计算公司辞退员工时的平均工资时，应充分考虑医疗期内的工资支付情况，并按照上述方法进行计算。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。