结论：上班9小时，另外一个人上班3小时是否合法，不能一概而论，需要结合具体的工作制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、标准工时制下的合法性分析

在标准工时制下，劳动者每日工作时间通常不超过8小时，平均每周不超过40小时。如果一名员工上班9小时，而另一名员工上班3小时，这种安排可能涉及以下几种情况：

1. 加班情况：如果上班9小时的员工是在正常8小时工作之外额外加班1小时，且该加班符合《劳动法》关于加班的规定（如用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时，但是每月不得超过36小时），并且用人单位支付了相应的加班费，那么这种安排是合法的。而上班3小时的员工，如果其工作时间符合劳动合同和用人单位的工作安排，也是合法的。

2. 不合理的工时分配：如果用人单位无正当理由，单纯基于某种不合理的标准（如性别、年龄、职位等）对员工进行工时分配，导致部分员工工作时间过长，而部分员工工作时间过短，这种安排可能违反《劳动法》关于公平就业和合理用工的原则，从而构成违法。

二、综合计算工时制和不定时工作制下的合法性分析

除了标准工时制外，我国还实行综合计算工时制和不定时工作制。在这两种工时制度下，劳动者的工作时间计算方式与标准工时制有所不同。

1. 综合计算工时制：在这种制度下，用人单位可以按照周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。如果上班9小时和上班3小时的员工的工作时间在综合计算周期内平均下来符合法定标准，且用人单位已经依法向劳动行政部门申请并获得了批准，那么这种安排是合法的。

2. 不定时工作制：在这种制度下，劳动者的工作时间不受固定工时限制，用人单位应根据劳动法的有关规定，在保障劳动者身体健康的基础上，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保劳动者的休息休假权利和生产、工作任务的完成。如果上班9小时和上班3小时的员工的工作时间符合不定时工作制的特点，且用人单位已经依法向劳动行政部门申请并获得了批准，那么这种安排也是合法的。

三、劳动合同和用人单位规章制度的约束

无论采用哪种工时制度，用人单位与劳动者签订的劳动合同以及用人单位的规章制度都应当符合法律法规的规定。如果劳动合同或规章制度中明确规定了员工的工作时间，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位和劳动者都应当遵守。如果用人单位违反劳动合同或规章制度的规定，擅自改变员工的工作时间，可能构成违法。

建议：如果您或您身边的同事遇到了类似的工作时间安排问题，建议您首先查阅与用人单位签订的劳动合同以及用人单位的规章制度，了解关于工作时间的具体规定。如果认为用人单位的安排违反了法律法规或劳动合同的规定，可以与用人单位进行协商，要求用人单位进行调整。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。