结论：每天工作时间9小时，中间休息3小时，一共上12小时班，在一般情况下是不合法的，但特定情况下可能合法，需依据具体法律规定和审批程序判断。以下从不同角度进行分析：

一、正常情况下的工时规定

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。同时，《国务院关于职工工作时间的规定》第三条也明确规定，职工每日工作8小时，每周工作40小时。因此，在没有特殊安排和审批的情况下，用人单位要求员工每天上班12小时（即使中间有休息时间），也明显超出了法定工作时间，属于违法行为。

二、特殊情况下的合法性分析

1. 加班程序合规：

   • 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过一小时；特殊原因下，保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
   • 如果用人单位履行了法定加班程序，并支付了相应的加班工资（平时加班支付不低于工资的150%的报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的300%的报酬），那么包含加班时间的每天工作12小时可能是合法的。但这种情况下的12小时工作，实际上包含了正常的8小时工作和额外的加班时间。

2. 不定时工作制或综合计算工时工作制：

   • 特殊行业、岗位经劳动行政部门批准可实行不定时工作制或综合计算工时工作制。
   • 在综合计算工时工作制下，计算周期内总工作时间不超过法定标准工作时间总数，即使某一天工作12小时，但在一个计算周期内平均下来符合规定，也是合法的。例如，某些行业可能采用以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，只要在一个综合计算周期内的总实际工作时间不超过总法定标准工作时间，就视为合法。
   • 实行这两种特殊工时制度必须经过劳动行政部门审批，用人单位不能自行决定。

3. 紧急情况下的例外：

   • 根据《劳动法》第四十二条，发生自然灾害、事故或因其他原因威胁劳动者生命健康和财产安全需要紧急处理，以及生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障影响生产和公众利益必须及时抢修等情形下，延长工作时间可以不受第四十一条的限制。
   • 在这种紧急情况下，劳动者可能需要长时间工作，但这种情况是例外且暂时的，不适用于日常的工作安排。

三、劳动者权益保护建议

• 了解自身权益：劳动者应充分了解自己的工作时间权益，包括每日和每周的工作时间限制、加班工资的计算方法等。
• 拒绝非法安排：如果用人单位违反工时规定，强制要求员工长时间工作并未按规定支付相应薪资，劳动者有权拒绝这种非法的工作安排。
• 要求合理补偿：对于合法的加班时间，劳动者应要求用人单位按照法律规定支付加班费或进行相应的补偿。
• 维护自身权益：如果与用人单位发生争议，劳动者可通过与用人单位协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。

总结：每天工作时间9小时，中间休息3小时，一共上12小时班，在一般情况下是不合法的。但存在特定情况和法律程序下可能合法的情况，如加班程序合规、实行不定时工作制或综合计算工时工作制、紧急情况下的例外等。劳动者应充分了解自己的工作时间权益，并在必要时采取适当措施维护自身合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。