在销售员赚差价构成职务侵占的情况下，差价部分的合理提成是否会被扣除，需根据具体情况分析，但通常合理提成部分不会被直接扣除，而是会作为量刑或赔偿的参考因素之一。以下从不同角度进行详细分析：

一、职务侵占的构成要件与法律后果

职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条的规定，职务侵占罪的构成要件包括：

1. 主体要件：犯罪主体为公司、企业或者其他单位的工作人员。
2. 主观要件：行为人具有非法占有本单位财物的目的。
3. 客观要件：行为人利用职务上的便利，实施了将本单位财物非法占为己有的行为。
4. 客体要件：侵犯了公司、企业或者其他单位的财产所有权。

一旦构成职务侵占罪，行为人将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役等，并可能被处以罚金。同时，根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。

二、差价部分与合理提成的区分

在销售员赚差价的情况下，差价部分通常指的是销售员以高于公司定价的价格销售产品，从而获取的额外收益。而合理提成则是公司根据销售员的业绩，按照一定比例支付给销售员的报酬。

1. 差价部分：如果销售员通过隐瞒公司定价、私自加价等方式获取差价，且该差价未被公司允许或知晓，那么这部分差价很可能被视为非法所得，构成职务侵占的一部分。
2. 合理提成：合理提成是公司根据销售员的业绩和贡献，按照既定规则支付给销售员的报酬。这部分报酬是合法的，且通常与销售员的职务行为直接相关。

三、合理提成在职务侵占案件中的处理

在职务侵占案件中，合理提成部分通常不会被直接扣除，因为：

1. 合法性：合理提成是公司支付给销售员的合法报酬，与职务侵占的非法所得有本质区别。
2. 量刑参考：在量刑时，法院可能会考虑销售员的合法收入情况，包括合理提成，以确定其犯罪情节的严重程度。但这并不意味着合理提成会被直接扣除或抵销非法所得。
3. 赔偿与退赔：在责令退赔时，法院会要求犯罪分子退赔其非法所得，即差价部分。而合理提成作为合法收入，通常不会被要求退赔。

四、特殊情况下的处理

当然，也存在一些特殊情况，如销售员通过虚构业绩、骗取提成等方式获取不合理提成，且该提成与职务侵占行为存在关联。在这种情况下，不合理提成部分可能会被视为非法所得的一部分，被要求退赔或作为量刑的参考因素。

五、建议与风险提示

1. 对于公司：应建立健全的内部控制制度，加强对销售员的监督和管理，防止销售员利用职务之便赚取差价或进行其他违法行为。
2. 对于销售员：应遵守公司规定和法律法规，诚实守信地履行职务行为，避免因贪图小利而触犯法律。
3. 风险提示：如果销售员涉嫌职务侵占罪，应尽快向公司坦白并退赔非法所得，以争取从轻或减轻处罚。同时，公司也应及时报警并配合司法机关的调查工作。

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