员工考核扣款是否违法，需根据具体情况综合判断，但公司直接以考核名义对员工进行罚款通常是违法的。以下是对此问题的详细分析：
一、公司直接考核罚款的违法性
罚款权的归属：
- 罚款属于公权力范畴，其行使必须有明确的法律依据。企业作为民事主体，与员工之间建立的是平等的劳动关系，并不具备对员工进行罚款的法律权限。因此，公司直接以考核名义对员工罚款，缺乏法律依据，是违法的。
劳动法规定：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，且赔偿额可从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准。这一规定并未赋予公司直接的罚款权，而是针对经济损失的赔偿进行了规范。
二、合法的经济管理措施
虽然公司无权直接罚款，但可以通过以下合法有效的规章制度及绩效考核制度来规范员工行为并实施相应的经济管理措施：
绩效考核制度：
- 公司可以设立“月考核奖”或“年考核奖”等综合考核奖项，将出勤、安全、质量、劳动纪律等方面纳入考核范围。通过绩效考核来激励和约束员工行为，对于达到考核要求的员工给予全额奖励，未达到要求的则按比例或减少奖励。这种奖励与扣减应基于劳动合同的约定，且扣减部分不应涉及基本工资，且需遵守扣减幅度的限制。
规章制度的制定与执行：
- 规章制度的制定应遵循公平、公正、合理的原则，确保员工的合法权益不受侵害。规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），内容不违反法律法规，并已向员工公示或告知。在执行过程中，公司应严格按照规章制度办事，避免滥用管理权或打击报复员工。
经济损失的赔偿：
- 如员工确因个人原因给公司造成经济损失，公司可依据劳动合同约定要求赔偿。在赔偿过程中，应遵守《工资支付暂行规定》的相关限制，确保扣除金额合理且不损害员工的基本生活权益。赔偿与罚款是两个不同的概念，赔偿是基于员工过错造成的实际损失，而罚款则是对员工行为的惩罚，两者在性质和目的上存在显著差异。
三、违法扣减工资的情形及后果
违法情形：
- 未经民主程序制定考核制度，或根本无相关制度而随意扣减工资。
- 考核标准模糊不清，或设置过高几乎无法完成，以此为由扣减工资。
- 扣减的工资部分超过当月工资的20%，或扣除后工资低于当地最低工资标准。
- 扣减基本工资，而非绩效工资或奖金部分。
法律后果：
- 根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50％以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。
四、劳动者的权益保护
知情权：
- 劳动者有权了解公司的绩效考核制度及其具体内容，用人单位应确保制度的透明度和公开性。
申诉与投诉：
- 面对不合法的考核扣工资行为，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，或寻求法律援助以维护自身权益。
总结来说，员工考核扣款是否违法，关键在于考核制度的合法性、合理性以及扣减幅度的合规性。作为劳动者，应充分了解自己的权益和法律规定，以便在面对相关问题时能够采取合适的措施进行处理。同时，作为用人单位，也应严格遵守相关法律法规，确保考核扣工资行为的合法性和公正性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。