公司管理制度考核扣款是否违法，需分情况讨论：
直接以考核名义罚款违法：
- 罚款属于公权力范畴，企业作为民事主体，并不具备对员工进行罚款的法律权限。因此，如果公司直接以考核名义对员工进行罚款，这种行为是违法的。根据《工资支付暂行规定》第十六条，即使劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位要求赔偿时，也需遵守每月扣除部分不得超过当月工资20%的限制，并确保扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准。这一规定并未赋予公司直接的罚款权。
通过合法制度考核扣款可能合法：
- 虽然公司无权直接罚款，但可以通过制定合法有效的规章制度及绩效考核制度来管理员工，并据此实施经济管理措施。这些制度应经过民主程序制定，如职工代表大会讨论通过，内容不违反法律法规，并已向员工公示或告知。例如，公司可以设立“月考核奖”或“年考核奖”等综合考核奖项，将出勤、安全、质量、劳动纪律等方面纳入考核范围。对于达到考核要求的员工给予全额奖励，未达到要求的则按比例或减少奖励。这种基于绩效考核的扣款，如果制度合法且执行得当，是可能合法的。
合法考核扣款的关键要素：
- 法定程序与公示：规章制度需经过民主程序制定，并向员工公示或告知，确保员工知晓并理解相关规定。
- 扣款比例限制：扣款金额不应超过员工当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 基于法律法规或劳动合同约定：考核扣款应依据国家法律法规或与员工签订的劳动合同中的明确约定进行，且这些约定不违反法律法规的强制性规定。
实际应用中的建议：
- 注重沟通与协商：公司在制定和执行规章制度及绩效考核制度时，应注重与员工的沟通与协商，确保制度的合理性和可接受性。
- 坚持教育与处罚相结合：在处理员工违规行为时，应坚持教育与处罚相结合的原则，以教育为主、处罚为辅，避免过度依赖经济手段来解决问题。
- 积极回应员工异议：如遇员工对公司管理制度提出异议或投诉，公司应积极回应并妥善处理，维护良好的劳动关系和企业形象。
可能面临的法律后果：
- 如果公司未经法定程序制定考核制度、扣款比例过高、考核标准不明确或不合理等，可能构成违法或不合理行为。员工有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付工资报酬、经济补偿及赔偿金。
综上所述，公司管理制度考核扣款是否违法，取决于考核制度的合法性、合理性以及执行过程中的具体操作。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。