当公司被收购时，对于怀孕员工的处理，确实需要遵循一系列法律法规，以确保她们的合法权益不受侵害。以下是我为您详细梳理的处理方式和相关法律依据：

一、主要法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》：该法明确规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得依据本法第二十六条、第二十七条的规定解除劳动合同。这意味着，只要怀孕员工没有严重违反公司规章制度或存在其他法定解除情形，用人单位就不能随意解除与其的劳动合同。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》：该法进一步强调，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这再次明确了怀孕员工在公司被收购等情况下享有特殊的劳动保护。

3. 《女职工劳动保护特别规定》：该规定明确指出，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。这为怀孕员工提供了更为细致的保护措施。

4. 《中华人民共和国妇女权益保障法》：该法也明确规定了任何单位不得以结婚、怀孕、产假、哺乳等为由，辞退女职工或单方解除劳动合同。这从更宏观的角度保障了女性劳动者的权益。

二、处理方式

1. 继续履行原劳动合同：

   • 根据上述法律规定，公司被收购后，怀孕员工与原公司的劳动合同应继续有效，由收购方继承并继续履行。
   • 收购方应确保怀孕员工的工作岗位、工资待遇等不因收购而受到影响，保持其原有的工作条件和福利待遇。

2. 协商变更劳动合同：

   • 如果因收购导致公司经营状况发生重大变化，确实需要调整怀孕员工的工作岗位或工作内容，收购方应与员工进行充分沟通。
   • 在协商一致的基础上，双方可以签订书面变更协议，明确新的工作岗位、工作内容、工资待遇等条款。但需注意，这种变更不得损害怀孕员工的合法权益。

3. 提供必要的劳动保护和福利待遇：

   • 收购方应按照相关法律法规的要求，为怀孕员工提供必要的劳动保护措施，如合理安排工作时间、减轻劳动强度、提供适宜的劳动环境等。
   • 同时，收购方还应确保怀孕员工依法享受生育保险待遇，包括生育津贴、医疗费用报销等。

综上所述，当公司被收购时，怀孕员工的合法权益应得到充分保障。收购方应继续履行原劳动合同，或在协商一致的基础上变更劳动合同，并提供必要的劳动保护和福利待遇。如果怀孕员工遇到任何问题或权益受到侵害，可以及时向相关部门投诉或寻求法律援助。