结论：员工股协议中写明“自动离职按股金残值退股本”的，开除通常不算自动离职，一般不能直接依据该条款按股金残值退股本，但具体还需结合协议约定、公司章程及相关法律规定综合判断。

一、协议约定角度

1. 条款明确性：若员工股协议中明确将“自动离职”定义为仅指员工主动提出离职且公司同意的情形，那么开除（即公司单方面解除与员工的劳动关系）显然不属于自动离职的范畴。在此情况下，公司不能直接依据该条款按股金残值退股本。
2. 条款模糊性：如果协议中对于“自动离职”的定义较为模糊，或者未明确排除开除等情形，那么可能存在一定的解释空间。但即便如此，从法律原则和公平角度出发，开除与自动离职在性质上存在显著差异，不应简单等同。

二、公司章程与内部规定角度

1. 公司章程的优先性：公司章程是公司治理的基本文件，对于股东权益、股权转让等事项通常有明确规定。如果公司章程中对于员工股的处理有与协议不同或更详细的规定，那么应优先适用公司章程的规定。
2. 内部规定的合法性：公司内部规定（如员工手册、股权激励计划等）在制定时需符合法律法规的规定，且不得与公司章程相抵触。如果内部规定中对于开除员工股的处理方式与协议或公司章程不一致，且该规定本身合法有效，那么可能按照内部规定执行。但需注意，内部规定不得侵犯员工的合法权益。

三、法律规定角度

1. 股权转让的法律规定：根据《公司法》等相关法律法规，股权转让需遵循一定的程序和规定。即使员工因开除而离职，其股权的转让也需符合法律法规的规定，不能仅凭协议中的一条条款就随意处理。
2. 员工权益保护：在处理员工股问题时，还需充分考虑员工的合法权益。开除员工本身可能涉及劳动争议和法律责任，公司在处理员工股时需确保不侵犯员工的合法权益，避免引发新的法律纠纷。

四、建议与风险提示

1. 审查协议与章程：建议公司首先审查员工股协议和公司章程中关于员工离职（包括自动离职和开除）时股权处理的规定，确保条款明确、合法且符合公司实际情况。
2. 协商与沟通：在处理开除员工股问题时，建议公司与员工进行充分协商和沟通，尽量达成一致意见。如果无法达成一致，可寻求法律途径解决争议。
3. 法律风险防范：公司在制定员工股协议和内部规定时，应充分考虑法律风险防范问题。确保条款合法合规、明确具体，避免因条款模糊或违法而引发法律纠纷。

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