在确认事实劳动关系的过程中，即使劳动关系尚未最终确认结束，工伤认定也是可以进行的。以下从不同角度为你详细分析：
一、工伤认定与劳动关系确认的关系
根据《工伤保险条例》第十八条的规定，提出工伤认定申请时，需要提交与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料。这表明，劳动关系证明是工伤认定的必要条件，但并不意味着劳动关系必须已经完全确认无误且结束才能进行工伤认定。在实际操作中，只要劳动者能够提供初步证据证明与用人单位之间存在事实劳动关系，就可以申请工伤认定。
二、不同情况下的工伤认定流程
双方无异议情况：
- 如果用人单位与劳动者均认可劳动关系的存在，并且能够提供如书面劳动合同等明确证据，社会保险行政部门可以直接依据这些材料确认劳动关系，并据此进行工伤认定。
双方有争议情况：
- 当双方对劳动关系存在争议时，社会保险行政部门会要求提供额外证据，并可能进行调查核实。如果仍无法明确劳动关系，社会保险行政部门会指引当事人通过劳动争议仲裁程序来解决争议。待劳动关系确定后，再继续工伤认定流程。
- 在此过程中，劳动者可以提交工资支付凭证、社保缴费记录、工作证、招工登记表、考勤记录以及其他劳动者的证言等材料来证明事实劳动关系的存在。特别是当用人单位未与劳动者签订劳动合同时，这些凭证成为确认事实劳动关系的重要依据。
三、法律建议
- 及时申请工伤认定：如果你在工作中受伤，并且认为符合工伤认定的条件，即使劳动关系尚未最终确认，也应尽快向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 准备充分证据：在申请工伤认定时，务必准备充分的证据来证明你与用人单位之间存在事实劳动关系。这些证据可以包括但不限于工资支付凭证、社保缴费记录、工作证等。
- 寻求法律帮助：如果你在工伤认定过程中遇到任何困难或疑问，比如劳动关系确认的争议、证据收集的困难等，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
四、可能的法律后果
- 如果工伤认定成功：你将有权享受相应的工伤保险待遇，包括医疗费用报销、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等。
- 如果工伤认定失败：如果你未能提供充分证据证明与用人单位之间存在事实劳动关系，或者不符合工伤认定的其他条件，那么你的工伤认定申请可能会被驳回。在这种情况下，你可以考虑通过劳动争议仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
综上所述，即使确认事实劳动关系的过程尚未结束，你仍然可以申请工伤认定。只要你能提供初步证据证明与用人单位之间存在事实劳动关系，并且符合工伤认定的其他条件，就有可能被认定为工伤并享受相应的工伤保险待遇。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。