结论：进电子厂做短期工两个月扣3个月的商保，这种做法一般是不合理的，具体分析如下：
一、从合同约定的角度分析
在您与电子厂建立劳动关系时，双方应当签订书面的劳动合同（或劳务合同，具体取决于用工性质）。合同中应当明确约定工资、福利、社保等相关事项。如果合同中明确规定了商保的缴纳期限和方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应当按照合同约定履行。但若合同中并未明确约定扣3个月商保，或者约定不明确，那么电子厂单方面扣除3个月商保的做法就缺乏合同依据，是不合理的。
二、从法律法规的角度分析
社会保险法相关规定：
- 根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位应当为员工缴纳社会保险费，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。商保（商业保险）并非法定必须缴纳的保险，其缴纳与否以及缴纳期限通常由双方协商确定。
- 如果电子厂将商保作为员工福利的一部分，并明确告知员工且员工同意，那么缴纳商保是可以的。但缴纳期限应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
劳动法相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位不得非法扣押劳动者的财物，也不得非法收取劳动者的费用。如果电子厂以扣商保为名，实际是非法收取费用，那么这种做法是违法的。
三、从实际操作的角度分析
- 在实际操作中，如果电子厂确实需要为员工缴纳商保，应当与员工进行充分沟通，明确缴纳期限、费用承担等事项，并签订书面协议。如果电子厂未经员工同意，单方面扣除3个月商保，那么员工有权向电子厂提出异议，并要求电子厂退还多扣除的费用。
- 如果电子厂拒绝退还，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
四、建议与行动
与电子厂沟通：
- 首先，您可以与电子厂的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解扣除3个月商保的具体原因和依据。
- 如果电子厂无法提供合理的解释和依据，您可以要求电子厂退还多扣除的费用。
寻求法律援助：
- 如果与电子厂沟通无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者咨询专业律师（如我），了解具体的法律途径和维权方法。
- 在维权过程中，您需要保留好相关证据，如劳动合同、工资条、商保缴纳记录等，以便在需要时提供证明。
作为康鹏程律师，我专注于债权债务、专利权、商标权、反不正当竞争、侵权纠纷等领域，但劳动工伤问题也涉及劳动者的基本权益，我同样能够提供专业的法律意见。如果您在劳动工伤方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。