结论：工厂扣除900元保险费是否合法，需分情况判断，关键看是否符合劳动合同约定、是否超出法定缴费比例、是否履行告知义务。以下为具体分析：

1. 若工厂扣除的是社会保险费用（养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险），且符合以下条件则合法：

   • 劳动合同有约定：若劳动合同中明确约定“员工需承担个人应缴部分的社会保险费用”，且扣除金额未超过法定比例（如养老保险个人承担8%、医疗保险个人承担2%等），则工厂有权从工资中扣除。
     
   • 未超出法定比例：根据《社会保险法》，社会保险费用由用人单位和员工共同缴纳，但员工个人承担部分有明确上限（如养老保险个人缴费基数上限为当地社平工资的300%）。若扣除的900元是两个月内个人应缴部分的总和，且未超过法定比例，则合法。
     
   • 已履行告知义务：工厂需在入职时或扣费前明确告知员工社会保险的缴费比例、金额及扣费方式，否则可能因“未明示”被认定为违法。

2. 若工厂扣除的是商业保险费用（如意外险、补充医疗险等），则大概率不合法：

   • 商业保险非强制：根据《劳动合同法》，用人单位不得强制员工购买商业保险，除非员工书面同意且费用由员工自行承担。若工厂未与员工协商一致，擅自扣除商业保险费用，属于违法扣费。
     
   • 需员工书面同意：即使员工同意购买商业保险，工厂也需提供书面协议（如入职须知、自愿购买承诺书等），明确保险类型、费用及扣费方式。若无法提供，员工可要求返还扣款。

3. 若工厂扣费超出法定比例或未提供工资条，可能违法：

   • 工资条是关键证据：根据《工资支付暂行规定》，工厂需向员工提供工资条，明确列明工资构成（如基本工资、加班费、扣款项目等）。若工厂未提供工资条，或扣款项目模糊（如仅写“保险扣费”未注明具体险种和金额），员工可主张扣款无效。
     
   • 扣费需合理透明：即使扣费合法，工厂也需确保扣费金额与员工实际应缴费用一致。若员工发现扣费金额高于法定比例或实际应缴金额（如通过社保查询发现个人缴费部分仅为600元，但工厂扣了900元），可要求工厂返还差额。

建议行动：

• 核对工资条和社保记录：要求工厂提供近两个月的工资条和社保缴费明细，确认扣款项目是否为“社会保险个人应缴部分”，并核对金额是否与社保记录一致。
  
• 与工厂协商：若发现扣费违法（如扣商业保险、未告知、超比例等），可先与工厂协商要求返还扣款。协商时注意保留沟通记录（如微信、邮件等）。
  
• 投诉或仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（电话12333），或申请劳动仲裁（需准备劳动合同、工资条、社保记录等证据），主张工厂返还违法扣款。
  

如有其他细节（如劳动合同具体条款、扣费通知方式等），可进一步补充说明，我会帮你更精准分析。