结论：工厂扣您900元工资是否合法，需根据具体情况判断，包括扣款原因、是否符合法律规定及劳动合同约定等。以下从不同角度为您详细分析：
一、扣款原因及合法性分析
法定扣款情形：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 分析：若工厂扣您900元是因为您给工厂造成了经济损失，且该损失金额在您当月工资的20%以内，同时扣除后您的工资不低于当地最低工资标准，则工厂的扣款行为可能是合法的。
非法扣款情形：
- 若工厂扣款并非基于您给工厂造成的经济损失，或者扣款金额超过了您当月工资的20%，或者扣除后您的工资低于当地最低工资标准，则工厂的扣款行为可能是非法的。
- 举例：若您当月工资为3000元，工厂扣您900元作为罚款，且该罚款并非基于您给工厂造成的经济损失，则此扣款行为非法。因为即使按照20%的比例计算，最多也只能扣600元。
二、劳动合同及规章制度分析
劳动合同约定：
- 检查您与工厂签订的劳动合同中是否有关于扣款的约定。若合同中有明确约定，且约定内容合法（如符合上述法定扣款情形），则工厂的扣款行为可能合法。
- 分析：若劳动合同中明确约定了因您违反工厂规章制度或给工厂造成损失时的扣款方式和金额，且该约定不违反法律法规，则工厂的扣款行为可能合法。
工厂规章制度：
- 工厂的规章制度也是判断扣款行为是否合法的重要依据。若工厂规章制度中明确规定了扣款情形和金额，且该规章制度已经您签字确认或经过民主程序制定并公示，则工厂的扣款行为可能合法。
- 分析：若工厂规章制度中规定了因您迟到、早退等轻微违纪行为而扣款900元，且该规章制度未经您签字确认或未经过民主程序制定并公示，则此扣款行为可能因规章制度不合法而无效。
三、建议及行动步骤
与工厂沟通：
- 首先，建议您与工厂进行沟通，了解扣款的具体原因和依据。要求工厂提供相关的证据和规章制度条款，以便您判断扣款行为是否合法。
收集证据：
- 若您认为工厂的扣款行为非法，建议您收集相关证据，如工资条、劳动合同、工厂规章制度、扣款通知等，以便在后续维权过程中使用。
寻求法律援助：
- 若您无法与工厂达成一致，或者工厂拒绝提供相关证据和解释，建议您寻求法律援助。您可以向我咨询，或者向当地劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。
最后，工厂扣您900元工资是否合法，需根据具体情况判断。若您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。