结论：工厂因员工未打离职报告而扣除900元工资的行为，是否合法需分情况讨论，不能一概而论。
分析如下：
若工厂有明确的规章制度，且该制度合法有效：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位有权制定合理的规章制度来规范员工行为，包括离职流程。如果工厂的规章制度中明确规定了员工离职需提前提交离职报告，且未提交者将面临一定的经济处罚，同时该制度在制定过程中经过了民主程序（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），并向员工进行了公示或告知，那么该制度是合法有效的。
- 在此情况下，如果员工确实未按照制度要求提交离职报告，工厂依据该制度扣除一定金额的工资（如900元），可能被视为合法行为，但前提是扣除的金额需合理，且不得违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等）。然而，通常来说，直接扣除工资作为处罚措施并不被法律所鼓励，工厂更应通过其他管理手段（如警告、记过等）来规范员工行为。若扣除金额过高或不合理，员工仍有权提出异议。
若工厂无明确规章制度，或规章制度不合法：
- 如果工厂没有明确的规章制度规定离职需提交离职报告，或者该制度未经民主程序制定、未向员工公示或告知，那么该制度对员工不具有约束力。
- 在此情况下，工厂因员工未打离职报告而扣除工资的行为，缺乏法律依据，属于违法行为。员工有权要求工厂补发被扣除的工资，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
建议：
- 对于员工而言，如果遇到类似情况，首先应查看工厂的规章制度，了解离职流程和相关规定。如果认为工厂的扣除行为不合理或违法，可以与工厂进行协商，要求补发工资；协商无果的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于工厂而言，应制定合法有效的规章制度，并明确离职流程和相关规定。在处罚员工时，应确保处罚措施合法、合理，并遵循相关法律法规的规定。同时，工厂也应加强与员工的沟通，提高员工的法律意识，减少类似纠纷的发生。
额外提醒：
- 离职报告是员工向工厂表明离职意愿的正式文件，有助于工厂安排工作交接和人员调整。因此，即使工厂没有明确的规章制度要求提交离职报告，从职业道德和职业素养的角度出发，员工也应主动向工厂提交离职报告，以维护良好的职场关系。
- 如果员工对工厂的扣除行为有异议，且无法通过协商解决，建议及时咨询专业律师（如我，周静律师，专注于劳动纠纷领域），以便更好地维护自己的合法权益。