对工程审计结果申请行政复议，在符合一定条件下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、合法申请行政复议的情形及条件
审计主体及行为具有行政性质
- 若工程审计是由政府审计机关依据相关行政职权作出的具体行政行为，且该行为对当事人的权利义务产生了实际影响（例如，影响了施工单位的工程款结算金额），则当事人有权依法申请行政复议。
- 法律依据：《中华人民共和国行政复议法》第二条明确规定，公民、法人或其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益时，有权申请行政复议。
符合行政复议的受理范围和条件
- 申请人需与审计结果具有利害关系，即审计结果直接影响了其合法权益。
- 申请需在法定的期限内提出，一般是自知道或应当知道该具体行政行为之日起60日内（法律规定的申请期限超过60日的除外）。
- 需要有明确的被申请人和具体的复议请求及事实依据。
- 法律依据：《中华人民共和国行政复议法》第六条和第九条，分别规定了行政复议的受理范围和申请期限。
正确的复议机关
- 根据《行政复议法》第十二条，申请人可以向作出审计结果的部门的本级人民政府或上一级主管部门申请行政复议。
二、不合法的情形
审计行为不具有可复议性
- 如果工程审计行为是内部监督管理行为，或是不具有强制执行力的指导、建议等行为，且没有对当事人的权利义务产生直接的实际影响，则通常不可申请行政复议。
- 法律依据：参考《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第一条第二款，不产生外部法律效力的行为不属于行政诉讼受案范围，同样也不属于行政复议的范围。
已超出法定救济途径和期限
- 如果当事人在知道审计结果后，未在法定期限内申请行政复议，或已通过其他合法途径（如行政诉讼且已被生效裁判拘束等）处理过该审计结果，则再次申请行政复议可能不被受理。
- 法律依据：《中华人民共和国行政复议法》第十六条，规定了行政复议与行政诉讼的关系及申请复议的排他性。
三、申请行政复议的注意事项
- 准备充分：在申请行政复议时，需要填写相关的书面申请书，并附上相关证据材料以支持自己的主张。
- 了解程序：行政复议决定是行政终局决定（除非法律规定可以提起行政诉讼）。如果对行政复议决定仍然不服，可以依法向人民法院提起行政诉讼，但不能再向上级国家行政机关申请复议。
四、实际案例与操作建议
- 案例：假设某施工单位对政府审计机关作出的工程款结算审计结果有异议，认为审计结果低估了其应得的工程款。在此情况下，施工单位可以依法向作出审计结果的部门的本级人民政府或上一级主管部门申请行政复议。
- 操作建议：在申请行政复议前，施工单位应仔细分析审计结果，收集相关证据材料，明确复议请求和事实依据。同时，应了解行政复议的程序和期限，确保在法定期限内提出复议申请。
综上所述，对工程审计结果申请行政复议的合法性取决于多个因素，包括审计行为的性质、是否符合行政复议的受理范围和条件、以及是否正确选择了复议机关等。在实际操作中，当事人应仔细分析这些因素，并在法定期限内依法提出复议申请。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。