对工程合同进行行政审查是否合法，需分情况讨论，主要取决于审查的主体、依据及程序是否符合法律规定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 行政审查的合法性基础

• 法定审查情形：根据《中华人民共和国招标投标法》《中华人民共和国建筑法》及相关行政法规，工程合同若涉及必须招标的项目（如大型基础设施、公用事业等），行政机关（如建设主管部门、招投标监管机构）有权对合同签订前的招投标程序、合同内容是否符合法定要求进行审查。这种审查属于法定职责，具有合法性。
• 非法定审查情形：若工程合同不涉及必须招标的项目，且行政机关主动介入审查合同内容（如条款是否公平、价格是否合理等），则可能缺乏法律依据，属于越权行为，不合法。

2. 审查主体与程序合法性

• 主体合法性：审查必须由法律授权的行政机关（如建设局、市场监管局）进行，其他单位或个人无权审查。例如，行业协会或第三方机构自行审查合同，不具有行政法律效力。
• 程序合法性：审查需遵循法定程序，如告知当事人权利义务、听取陈述申辩、出具书面审查意见等。若行政机关未履行程序要求（如未说明审查理由、未听取意见），可能构成程序违法。

3. 审查内容与边界

• 合法性审查：行政机关可审查合同内容是否违反法律强制性规定（如是否规避招投标、是否损害公共利益），但无权干预合同自由协商的部分（如价格、工期等商业条款）。
• 越界风险：若行政机关以“审查”为名，强制要求修改合同条款或干预当事人意思自治，可能构成滥用职权，当事人可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

4. 实务建议

• 对当事人：若遇到行政机关要求审查合同，可要求其出示法律依据和书面审查要求，明确审查范围。若认为审查违法，可保留证据并寻求法律救济。
• 对行政机关：应严格依据法律授权和程序进行审查，避免超越职权或干预市场主体自主经营。

总结：工程合同的行政审查合法性取决于审查是否基于法定情形、主体是否合法、程序是否正当以及内容是否越界。若您遇到具体审查行为，可进一步向我描述细节（如审查主体、理由、程序等），我将为您分析合法性并提供应对建议。