医院收到企业履约保证金后用于抵扣该企业货款，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从几个关键角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 若合同中有明确约定：如果医院与企业签订的合同中明确规定了履约保证金可以用于抵扣货款，或者双方后续通过补充协议达成了此类约定，那么医院的行为就是合法的。因为合同是双方意思自治的体现，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，合同条款就是有效的。
   • 若合同中无明确约定：如果合同中没有提及履约保证金可以用于抵扣货款，那么医院单方面将保证金用于抵扣货款就可能构成违约。企业有权要求医院按照合同约定返还保证金，并可能要求医院承担违约责任。

2. 法律规定角度：

   • 保证金性质：履约保证金通常是为了确保合同履行而由一方支付给另一方的资金。其性质并非货款，而是对合同履行的一种担保。因此，除非合同有特别约定，否则保证金不应直接用于抵扣货款。
   • 法律限制：在没有合同约定的情况下，医院擅自将保证金用于抵扣货款，可能违反了《民法典》中关于合同履行和担保的相关规定。企业可以依据这些规定，通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 实际操作建议：

   • 审查合同：企业应首先审查与医院签订的合同，确认合同中是否有关于履约保证金可以用于抵扣货款的约定。
   • 协商沟通：如果合同中没有相关约定，企业应与医院进行协商沟通，要求医院按照合同约定返还保证金。
   • 法律途径：如果协商无果，企业可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁，要求医院承担违约责任并返还保证金。

可能产生的法律后果：

• 如果医院的行为构成违约，企业有权要求医院返还保证金，并可能要求医院支付违约金或赔偿损失。
• 如果医院的行为涉嫌违法（如欺诈、挪用资金等），企业还可以向相关部门举报，要求对医院进行行政处罚或追究刑事责任。

综上所述，医院收到企业履约保证金后用于抵扣该企业货款是否合法，取决于合同中的约定以及相关法律法规的规定。企业在遇到此类情况时，应首先审查合同条款，然后与医院进行协商沟通，必要时通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。