医院收取供应商药品质量保证金是否合法，需分情况讨论：
若保证金性质为合法担保，且符合相关法律法规及行业规范：
- 在医疗采购活动中，为确保药品质量，医院与供应商之间可能会约定一定的质量保证金条款。这种保证金若基于双方自愿、平等、公平的原则，且保证金数额合理，不违反法律法规的强制性规定，也不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种保证金条款是合法的。它实际上是一种担保方式，旨在保障医院在药品使用过程中因供应商药品质量问题而遭受的损失能够得到赔偿。
- 法律依据：虽然直接的法律条文可能并未明确提及“药品质量保证金”，但根据《民法典》中关于合同担保的相关规定，如第四百六十五条“依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外”，以及第四百八十七条关于定金的规定（虽定金与保证金在性质上有所差异，但均体现了担保功能），可以合理推断，在符合法律精神的前提下，双方约定的质量保证金条款是有效的。
若保证金性质为非法收费或违反相关法律法规及行业规范：
- 如果医院以药品质量保证金为名，行非法收费之实，或者保证金数额过高，超出了合理范围，甚至违反了国家关于医疗采购、药品管理等方面的法律法规及行业规范，那么这种保证金条款就是不合法的。它可能构成对供应商的不公平交易行为，损害了供应商的合法权益。
- 具体情形：例如，医院利用其在采购活动中的优势地位，强制要求供应商缴纳高额保证金，否则不予采购；或者保证金条款中设置了不合理的扣罚条件，使得供应商在正常履行合同的情况下也可能面临保证金被扣罚的风险。这些情形都可能构成违法行为。
- 法律后果：对于此类违法行为，供应商有权向相关部门投诉举报，要求医院退还非法收取的保证金，并可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
建议：
- 对于医院而言，在收取药品质量保证金时，应确保保证金条款的合法性、合理性和公平性，避免引发法律纠纷。
- 对于供应商而言，在签订采购合同时，应仔细审查保证金条款的内容，确保自身权益不受侵害。如遇非法收费或不合理条款，应及时向相关部门反映并寻求法律帮助。
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