当员工在同一个单位发生两次工伤时，赔偿问题的处理需要结合工伤保险法规以及具体的案情来综合判断。以下是一个详细且清晰的解答流程：
一、工伤认定阶段
分别申请认定：
- 每次工伤都需要单独进行工伤认定申请。
- 申请时需要准备的材料包括：医疗诊断证明、事故见证人的笔录、工作记录等，以证明工伤的发生和与工作的关联性。
- 注意申请时限，一般应在自事故发生之日起1年内提出工伤认定申请。
因果关系判定：
- 如果后次伤害与前次存在关联，例如旧伤复发，那么可能需要将两次工伤合并处理。
- 在这种情况下，需要专业机构进行损伤参与度鉴定，以确定两次工伤之间的因果关系和各自的责任比例。
二、劳动能力鉴定阶段
分级评定：
- 每次工伤都会对应一个独立的劳动能力鉴定结论。
- 如果员工存在多处伤残，那么会根据晋级原则来确定最终的伤残等级。
特殊情形处理：
- 例如，如果员工双眼受伤导致不同等级的伤残，那么通常会取较高等级并上浮一级作为最终的伤残等级。
三、赔偿计算阶段
医疗费用：
- 医疗费用会按照实际支出进行报销，包括康复费用。
- 在报销时，需要注意区分新旧伤治疗费用的关联性，确保费用的合理性和必要性。
停工留薪期工资：
- 每次工伤都会有一个相应的医疗期，员工在医疗期内应享受原工资福利待遇不变的待遇。
- 停工留薪期的工资需要分别计算每次工伤的医疗期和对应的工资待遇。
伤残补助金：
- 根据最新的伤残等级，员工可以获得一次性伤残补助金。
- 七级至十级伤残的员工可以获得7-27个月工资的补偿，具体数额根据伤残等级和当地的标准来确定。
就业补助金：
- 如果员工与单位解除劳动关系，那么还可以获得就业补助金。
- 就业补助金的数额和支付方式可能因地区而异，例如在广东，标准为25-15个月工资（以统筹地区上年度职工月平均工资为基数）。
四、特殊注意事项
单位责任强化：
- 如果单位未依法为员工参加工伤保险，那么需要全额承担赔偿责任，包括医疗费、护理费、伤残津贴等全部法定项目。
民事索赔路径：
- 如果工伤的发生存在第三方侵权的情况，那么员工可以主张双重赔偿。
- 但需要注意的是，医疗费等直接损失不得重复受偿。
程序衔接要点：
- 劳动仲裁的时效为1年，员工需要在规定的时间内提出仲裁申请。
- 在处理工伤赔偿问题时，员工可以同时主张工伤赔偿与人身损害赔偿，但需要注意两者的区别和衔接。
五、典型案例参考
以某工人左手首次工伤致九级伤残，半年后右手再次工伤致八级伤残为例：
- 处理结果：首先分别完成两次工伤认定；然后根据晋级原则，最终评定为七级伤残；员工获得合计29个月工资的伤残补助金；并保留劳动关系享受相应津贴。
综上所述，当员工在同一个单位发生两次工伤时，需要按照上述流程进行工伤认定、劳动能力鉴定和赔偿计算。同时，也需要注意单位责任、民事索赔路径和程序衔接等特殊事项。希望这个解答能够帮助您更好地理解和处理相关问题。