结论前置：劳动合同约定保底加绩效、补贴，但实际按计时发工资是否合理，需分情况讨论，具体如下：
若劳动合同明确约定工资构成及发放方式，且实际发放与约定不符，则不合理
根据《劳动合同法》第十七条，劳动合同应当明确约定劳动报酬条款，包括工资构成（如保底工资、绩效工资、补贴等）、支付方式、支付时间等。若合同中明确约定了“保底加绩效、补贴”的工资结构，但用人单位未按约定发放，而是擅自改为计时工资，则属于未按照劳动合同约定提供劳动条件或支付劳动报酬，违反了《劳动合同法》第三十条“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬”的规定。此时，劳动者有权要求用人单位按合同约定补发工资差额，甚至可依据《劳动合同法》第三十八条以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，并主张经济补偿。
若劳动合同未明确约定工资构成，或约定模糊，则需结合其他证据判断合理性
若劳动合同中仅笼统约定“工资按公司制度发放”或未明确绩效、补贴的计算方式，而用人单位通过规章制度或口头通知将工资结构改为计时制，此时需审查以下因素：
- 规章制度合法性：根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如工资结构）需经民主程序（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商）并公示，否则对劳动者不产生约束力。若用人单位未履行上述程序，劳动者可拒绝接受新的工资结构。
- 实际履行情况：若用人单位能证明劳动者已实际接受计时工资（如签字确认工资条、长期未提出异议等），可能被认定为双方通过实际履行变更了劳动合同约定。但根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十三条，变更劳动合同需双方协商一致且采用书面形式（口头变更需实际履行超过一个月且未提异议），否则劳动者仍可主张按原合同履行。
- 计时工资的合法性：即使改为计时工资，也需符合最低工资标准（《劳动法》第四十八条）及同工同酬原则（《劳动合同法》第十一条）。若计时工资低于当地最低工资标准，或同岗位劳动者计时工资显著低于原合同约定的“保底加绩效”水平，则仍可能被认定为违法。
建议行动步骤
- 核查劳动合同：仔细阅读合同中关于工资构成的条款，确认是否明确约定“保底加绩效、补贴”及具体计算方式。
- 收集证据：保留工资条、银行流水、考勤记录、绩效评估表等证据，证明实际发放与合同约定不符。
- 与用人单位协商：以书面形式（如邮件、微信）向用人单位提出异议，要求按合同约定补发工资。
- 投诉或仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁，主张工资差额及经济补偿（如符合解除条件）。
总结：劳动合同的约定具有法律效力，用人单位擅自变更工资结构可能构成违法。建议您先核对合同条款，收集证据，再通过协商或法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。