可以以公司扣费后不交社保为由起诉公司，但需根据具体情况采取不同法律途径。以下分情况详细说明：

1. 若公司扣费后未将社保费用缴纳至社保账户
   根据《社会保险法》第六十条，用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。若公司从员工工资中扣除社保个人部分后，未将该部分及单位应缴部分一并缴纳至社保账户，属于违法行为。此时员工可采取以下措施：

   • 向社保部门投诉：携带工资条、劳动合同等证据，向当地社保经办机构或劳动监察大队举报，要求公司补缴社保并承担滞纳金（《社会保险法》第八十六条）。
     
   • 以“未依法缴纳社保”为由解除劳动合同并主张经济补偿：根据《劳动合同法》第三十八条、第四十六条，员工可书面通知公司解除劳动合同，并要求支付经济补偿（按工作年限，每满一年支付一个月工资）。
     
   • 提起劳动仲裁或诉讼：若公司拒绝补缴或支付补偿，员工可申请劳动仲裁，对仲裁结果不服的，可向法院起诉。

2. 若公司扣费后已缴纳社保，但存在其他争议（如扣费比例错误）
   若公司已将社保费用缴纳至账户，但扣费比例不符合法律规定（如个人部分扣费过高），员工需先核实当地社保缴费基数和比例标准。若公司确实存在多扣费用的情况，可要求公司退还多扣部分，并通过以下途径解决：

   • 与公司协商：提供工资条、社保缴费记录等证据，要求公司退还多扣费用。
     
   • 申请劳动仲裁：若协商无果，可申请仲裁要求公司返还多扣费用及可能产生的利息。
     

3. 注意事项

   • 证据收集：无论采取哪种途径，均需保留工资条、劳动合同、社保缴费记录等证据，以证明公司存在违法行为。
     
   • 时效限制：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算（《劳动争议调解仲裁法》第二十七条）。
     
   • 法律程序优先级：建议优先通过社保部门投诉或劳动监察大队举报解决，若无法解决再考虑仲裁或诉讼，以降低维权成本。
     

若您遇到公司扣费后不交社保的情况，可直接向我咨询具体操作流程及证据准备事宜，我会根据您的实际情况提供详细指导。