结论：在店长同意支付工资但要求签订协议的情况下，能否签订协议不能一概而论，需要具体分析协议内容后再做决定。以下是从不同角度给出的详细分析：

一、协议内容合法合规且合理的情况

如果协议内容明确约定了支付工资的具体金额、支付时间、支付方式等关键条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，也不存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，那么这份协议是合法有效的。在这种情况下，你可以考虑签订协议，因为协议能够保障你的合法权益，确保你能够按时足额收到工资。

举例说明：假设协议中明确写着“店长将于签订协议后3个工作日内，通过银行转账方式向员工支付拖欠的工资共计XX元”，这样的条款清晰明了，既符合法律法规的要求，也保障了你的权益，因此你可以考虑签订。

二、协议内容存在违法违规或不合理条款的情况

1. 违法违规条款：如果协议中包含违反法律法规强制性规定的条款，比如要求你放弃追讨其他合法权益、免除店长的法定责任等，这样的条款是无效的。在这种情况下，你不能签订这样的协议，因为签订后可能无法保障你的合法权益。

举例说明：假设协议中写着“员工同意放弃追讨因未签订劳动合同而应得的双倍工资差额”，这样的条款就违反了《劳动合同法》的相关规定，是无效的，你不能签订。

1. 不合理条款：如果协议中存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，比如要求你承担不应由你承担的费用、以不合理的低价结算工资等，这样的条款也是不合理的。在这种情况下，你同样不能签订这样的协议，因为签订后可能使你遭受不必要的损失。

举例说明：假设协议中写着“员工同意以原工资的50%结算拖欠的工资”，这样的条款显然显失公平，你不能签订。

三、签订协议前的注意事项

1. 仔细阅读协议内容：在签订协议前，一定要仔细阅读协议的所有条款，确保自己完全理解并同意协议的内容。

2. 咨询专业人士：如果你对协议内容有任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业律师或法律工作者，他们能够提供专业的法律意见和帮助。

3. 保留证据：在签订协议前和签订协议后，都要保留好相关证据，比如工资条、考勤记录、工作证等，以备不时之需。

最后建议：在面对店长要求签订协议支付工资的情况时，一定要保持冷静和理性，仔细分析协议内容后再做决定。如果你有任何疑问或不确定的地方，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。