关于公司协商补缴社保的合法性，这确实是一个需要根据具体情况来判断的问题，关键在于补缴的责任归属以及是否符合相关法律法规。

首先，我们要明确的是，社保费用是由用人单位和职工共同缴纳的，这是根据我国《社会保险法》的规定。其中，养老保险、医疗保险和失业保险需要单位和个人按比例共同承担，而工伤保险和生育保险则由单位单独缴纳。

1. 对于员工个人应承担部分的补缴：

   • 如果员工因为疏忽、误解等原因，未能及时缴纳其个人应承担的社保部分，那么公司在发现后是有权要求员工补缴这部分费用的。因为员工本身就负有缴纳个人社保费用的法律义务。例如，在养老保险中，如果单位已经按照规定比例缴纳了，但员工个人部分没有扣缴，那么公司就可以要求员工补缴这部分费用。

2. 对于公司应承担部分的补缴：

   • 用人单位有为员工按时足额缴纳社保的法定义务。如果公司没有依法履行这个义务，导致员工的社保漏缴或者未足额缴纳，那么责任在公司。在这种情况下，公司不能将本应由自己承担的社保费用转嫁给员工，要求员工补缴。例如，如果公司因为财务问题没有为员工缴纳社保，后续却要求员工承担全部的补缴费用，这是违法的。员工有权拒绝，并且可以通过劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

3. 特殊情况的处理：

   • 在某些特殊情况下，比如员工提供了虚假资料、隐瞒了真实情况等，导致公司少缴、漏缴了社保，那么公司在承担补缴责任后，根据过错程度和双方的约定，可能会要求员工承担一定的赔偿责任。但这与单纯要求员工补缴社保费用是性质不同的，而且需要有充分的证据和合理的依据来支持。
   • 无论何种情况，公司都不能单方面决定补缴事宜，而应该与员工协商解决，并且按照相关的法律法规和政策规定来执行。

4. 建议与指导：

   • 在处理社保补缴问题时，我建议公司与员工保持沟通，明确责任归属，协商出一个合理的解决方案。
   • 如果双方无法达成一致，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助来维护自己的合法权益。
   • 同时，公司也应该加强社保管理，确保按时足额缴纳社保，避免类似问题的发生。

综上所述，公司协商补缴社保的合法性确实取决于具体情况和法律法规的规定。在处理此类问题时，我们应该遵循公平、公正的原则，确保双方的合法权益都能得到保障。