当行政决定因程序违法而不予撤销时，行政机关可以采取以下补救措施来纠正程序瑕疵，确保行政决定的合法性和有效性：
自行纠正程序违法：
- 重新作出行政决定：如果原行政决定因程序违法而被确认无效或撤销，但实体内容并无不当，行政机关可以在纠正程序违法后，重新作出与原决定内容相同的行政决定。这一过程中，必须严格遵守法定程序，确保当事人的合法权益得到充分保障。
- 补正程序瑕疵：对于程序中的轻微瑕疵，如通知、送达等环节的疏忽，行政机关可以通过补正的方式予以纠正。例如，重新发送通知、补发相关文件等，以确保当事人能够充分了解行政决定的内容和依据。
采取补救性行政行为：
- 作出补救性决定：如果原行政决定因程序违法而给当事人造成了实际损失，行政机关可以在纠正程序违法的同时，作出补救性决定，如赔偿损失、恢复原状等，以弥补当事人的损失。
- 实施补救性措施：除了作出补救性决定外，行政机关还可以采取一系列补救性措施，如提供必要的协助、指导当事人进行后续操作等，以确保行政决定的顺利实施和当事人的合法权益得到充分保障。
加强内部监督和培训：
- 完善内部监督机制：行政机关应建立健全内部监督机制，对行政决定的作出过程进行全程监督，确保程序合法、合规。对于发现的程序违法问题，应及时进行纠正和处理，防止类似问题再次发生。
- 加强人员培训：行政机关应加强对工作人员的法律知识和业务培训，提高其法律素养和业务能力。通过培训，使工作人员能够熟练掌握行政决定的作出程序和要求，减少程序违法问题的发生。
接受外部监督和救济：
- 接受司法审查：如果当事人对行政决定的合法性存在异议，可以通过行政诉讼等途径寻求司法救济。行政机关应积极配合司法审查工作，提供必要的证据和材料，确保司法审查的顺利进行。
- 接受社会监督：行政机关应主动接受社会监督，包括媒体监督、公众监督等。通过公开行政决定的作出过程和结果，增强行政透明度，提高公众对行政决定的信任度和满意度。
在采取补救措施时，行政机关还需注意以下几点：
- 确保补救措施的合法性和合理性：补救措施必须符合法律法规的规定，不得侵犯当事人的合法权益。同时，补救措施应与原行政决定的性质和后果相适应，确保补救的充分性和有效性。
- 及时与当事人沟通：在采取补救措施的过程中，行政机关应及时与当事人进行沟通，了解其需求和意见。通过沟通，可以增进相互理解，减少误解和冲突，为补救措施的顺利实施创造有利条件。
- 记录补救过程和结果：行政机关应对补救措施的实施过程和结果进行详细记录，以备后续查阅和参考。这些记录可以作为行政机关履行职责、保障当事人合法权益的重要证据。
若您在行政决定程序方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。