行政许可决定程序有缺失时，行政机关通常可以进行补救，但需遵循法定程序和原则。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、行政机关补救的法律依据与原则
依法行政原则：行政机关在行使职权时，必须严格依照法律、法规的规定进行。若行政许可决定程序存在缺失，行政机关应在法律框架内采取补救措施，确保行政行为的合法性和有效性。
程序正当原则：行政机关在补救程序缺失时，应确保补救过程的公开、公正、公平，保障当事人的知情权、参与权和救济权。这有助于提升行政行为的公信力和可接受性。
二、行政机关补救的具体方式
重新审查：对于程序缺失的行政许可决定，行政机关可以重新审查相关申请材料，确保所有必要的程序和步骤都已得到履行。这包括但不限于重新召开听证会、重新进行现场勘查等。
补充程序：若行政许可决定程序中缺少了某些必要的环节，如公示、听证等，行政机关可以在发现缺失后及时补充这些程序。补充程序应确保与原有程序相衔接，不影响行政许可决定的合法性和有效性。
撤销并重新作出决定：在程序缺失严重且无法通过简单补救措施予以纠正的情况下，行政机关可以考虑撤销原行政许可决定，并重新按照法定程序作出决定。这虽然会增加行政成本和时间成本，但有助于维护行政行为的严肃性和公信力。
三、补救过程中的注意事项
及时性：行政机关在发现程序缺失后，应尽快采取补救措施，避免因拖延而给当事人造成不必要的损失或影响行政行为的效力。
沟通与解释：在补救过程中，行政机关应积极与当事人进行沟通，解释补救的原因、方式和可能的影响，以消除当事人的疑虑和不满。
记录与留痕：行政机关在补救过程中应做好相关记录，包括补救的时间、方式、参与人员等，以备后续查证和审计。
四、法律后果与责任承担
若行政机关未及时对程序缺失进行补救，或者补救措施不当导致行政许可决定被撤销或确认无效，行政机关可能需要承担相应的法律责任。这包括但不限于行政赔偿、行政处分等。因此，行政机关在发现程序缺失后，应高度重视并积极采取补救措施。
建议：在实际操作中，行政机关应建立健全内部监督机制，加强对行政许可决定程序的审查和监督，确保所有程序都得到严格履行。若发现程序缺失，应及时采取补救措施，并积极与当事人进行沟通解释，以维护行政行为的合法性和有效性。若您在此方面遇到具体问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。