在行政案件中，确定行政行为违法但不予撤销的情形主要包括以下几种：

1. 依法应予撤销，但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害

   • 法律依据与解释：根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，当行政行为存在违法情形，但若撤销该行为将严重损害国家利益（如国防安全、外交关系、重大国家项目推进等）或社会公共利益（如公共安全、公共卫生、环境保护、公共资源分配等）时，法院或复议机关将判决或决定确认该行政行为违法，而不予撤销。
   • 实例分析：以政府建设的大型基础设施项目为例，如污水处理厂或桥梁，虽然审批手续上可能存在瑕疵，但该设施对改善环境、促进交通具有关键作用。若撤销该行政行为，可能导致项目停运，进而严重影响周边环境和居民生活。因此，法院或复议机关会选择确认违法行为，但保留项目的运营，以维护更大的社会公共利益。

2. 程序轻微违法，但对申请人权利不产生实际影响

   • 法律依据与解释：行政行为的合法性不仅取决于其实体内容的正确性，还依赖于程序的合规性。然而，并非所有程序违法都会导致行政行为的撤销。当行政行为的程序只是轻微违法（如处理期限轻微超时、通知送达方式轻微不当等），并且这种违法并未对申请人的合法权益造成实质性影响时，法院或复议机关会判决或决定确认行政行为违法，但不撤销原决定。
   • 实例分析：以行政处罚决定为例，如果行政机关在作出处罚前未能在法定期限内告知当事人听证权利，但随后及时补正并给予了当事人充分的听证机会，且处罚决定本身公正合理，那么这种轻微的程序违法就不会对当事人的实体权利造成实际影响。因此，法院或复议机关可能会选择确认行政处罚行为违法，但不予撤销，而是通过责令行政机关采取补救措施（如道歉、赔偿等）来纠正程序上的瑕疵。

3. 行政行为违法，但不具有可撤销内容

   • 解释：某些行政行为虽然违法，但由于其已经实施完毕或其性质决定了无法通过撤销来恢复原状，此时法院或复议机关将判决或决定确认该行为违法。
   • 举例：行政机关工作人员在执法过程中对相对人进行了辱骂、殴打等不当行为，该行为已造成一定影响，但无法撤销以消除影响。又如，在违法建筑或征收案件中，如房子已被拆除，法院或复议机关无法撤销强制拆除行为，只能确认该行为违法。

4. 被告改变原违法行政行为，原告仍要求确认原行政行为违法

   • 解释：诉讼过程中，若被告认识到原行政行为的违法性并主动纠正，但原告因对原行为不满或其他原因仍要求确认其违法，法院或复议机关可根据具体情况判决或决定确认原行政行为违法。
   • 举例：行政机关对某企业作出了错误的行政处罚决定，后在诉讼中自行撤销了该决定。然而，企业认为原处罚严重损害了其声誉，坚持要求法院或复议机关确认原处罚行为违法。此时，法院或复议机关将依法作出确认违法的判决或决定。

5. 被告不履行或者拖延履行法定职责，判决履行没有意义

   • 解释：当被告存在不履行或拖延履行法定职责的情况，且即使判决履行也无法达到预期效果或没有实际意义时，法院或复议机关将判决或决定确认其行为违法。
   • 举例：某行政机关未在法定期限内对某公民的行政许可申请作出决定。待公民提起诉讼时，由于政策调整或客观情况变化，该许可事项已不再具有实际意义。此时，法院或复议机关判决行政机关履行审批职责已无实际意义，将确认其不履行法定职责的行为违法。

法律建议：

• 在面对行政行为违法但不予撤销的情形时，当事人应首先了解具体违法情形及其法律后果，以便做出合理的应对策略。
• 若认为行政行为确实违法且给自己造成了损失，当事人有权依法向行政机关主张赔偿，以维护自己的合法权益。
• 在处理此类案件时，建议当事人咨询专业律师，以便更准确地把握法律精神和案件走向，制定更有效的维权策略。

可能法律后果：

• 行政行为被确认违法后，行政机关可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿损失、公开道歉等。
• 对于当事人而言，虽然行政行为未被撤销，但确认违法的判决或决定为其后续维权提供了法律依据和支持。