公司发现员工拿回扣后，一般不可以继续留用该员工，而应依据公司规章制度和法律法规进行处理。以下从不同角度为你详细分析：

从公司规章制度角度

1. 规章制度规定：大多数公司都会在规章制度中明确禁止员工利用职务之便谋取私利，如拿回扣等行为。如果公司有这样的规定，且该员工的行为被查证属实，那么公司有权依据规章制度对该员工进行处理，通常的处理方式是解除劳动合同。这是因为员工拿回扣的行为严重违反了公司的基本准则和职业道德，损害了公司的利益和声誉。
2. 处理流程：公司在处理此类事件时，应遵循一定的流程。首先，要对员工拿回扣的事实进行调查核实，确保证据充分、确凿。其次，根据调查结果，按照公司规章制度的规定，决定对该员工的处理方式，如警告、罚款、解除劳动合同等。最后，将处理结果告知员工，并做好相关的记录和存档工作。

从法律法规角度

1. 劳动合同法规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。员工拿回扣的行为如果被认定为严重违反公司规章制度，那么公司就有权依法解除与该员工的劳动合同，且无需支付经济补偿。
2. 刑事责任风险：如果员工拿回扣的数额较大，还可能涉嫌非国家工作人员受贿罪等刑事犯罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。因此，公司如果发现员工拿回扣，除了依据公司规章制度处理外，还应考虑是否涉及刑事犯罪，并及时向公安机关报案。

从公司管理角度

1. 维护公司利益：员工拿回扣的行为直接损害了公司的利益，如果公司对此视而不见或处理不当，将会引发其他员工的不满和效仿，进一步损害公司的利益。因此，公司应及时、公正地处理此类事件，以维护公司的利益和声誉。
2. 建立良好企业文化：公司应通过此类事件的处理，向全体员工传递一个明确的信号：公司坚决反对任何形式的腐败和不正当行为，鼓励员工诚实守信、廉洁奉公。这有助于建立良好的企业文化，提高员工的归属感和忠诚度。

建议：公司在发现员工拿回扣后，应首先进行调查核实，确保事实清楚、证据确凿。然后，依据公司规章制度和法律法规的规定，对该员工进行处理。如果涉及刑事犯罪，还应及时向公安机关报案。同时，公司应加强内部管理，完善规章制度，提高员工的法律意识和职业道德水平，以预防类似事件的再次发生。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。