当公司发现员工存在收回扣的问题时，这是一个涉及公司利益、职业道德以及可能触犯法律的重要事项，需要谨慎且全面地处理。以下是我为您提供的详细处理步骤和建议：

一、内部调查与证据收集

1. 及时展开调查：一旦发现员工可能存在收回扣的行为，公司应立即启动内部调查程序，确保调查的及时性和有效性。

2. 收集相关证据：调查过程中，要全面收集与回扣相关的证据，包括但不限于交易记录、发票、聊天记录、邮件往来、证人证言等。这些证据将用于确定回扣的事实、金额以及涉及的人员。

二、依据规章制度处理

1. 查阅公司规章制度：公司应首先查阅其内部关于反回扣、反腐败的规章制度，明确员工收回扣行为的性质和相应的处罚措施。

2. 按规定处理：根据规章制度的明确规定，对涉事员工进行相应的处罚，如警告、降职、降薪、解除劳动合同等。在处理过程中，要确保程序的公正性和透明性，给予员工充分的陈述和申辩机会。

三、法律途径处理

1. 民事诉讼索赔：如果员工收回扣的行为给公司造成了重大经济损失，公司可以考虑通过民事诉讼的方式要求员工赔偿损失，并返还不当得利。

2. 刑事报案：如果员工收回扣的数额达到一定程度，可能涉嫌非国家工作人员受贿罪等刑事犯罪。此时，公司应及时向公安机关报案，由司法机关依法追究员工的刑事责任。根据法律规定，受贿数额不同，量刑也会有所不同。

四、完善制度与防范措施

1. 建立健全财务审计制度：公司应加强对财务活动的审计和监督，确保资金流动的透明性和合规性，防止类似问题再次发生。

2. 加强采购监督：对于采购等关键环节，公司应建立严格的监督机制，确保采购过程的公正性和透明性，防止员工利用职务之便收受回扣。

3. 加强员工教育和培训：公司应定期对员工进行职业道德和法律法规的教育和培训，提高员工的法律意识和职业道德水平，从源头上防范此类问题的发生。

五、注意事项

1. 遵循合法合规原则：在处理员工收回扣的问题时，公司要确保所有处理措施都符合法律法规的要求，避免自身陷入法律风险。

2. 保障员工合法权益：在处理过程中，要尊重员工的合法权益，给予其充分的陈述和申辩机会，确保处理结果的公正性和合理性。

3. 及时沟通与反馈：公司应与涉事员工进行及时、有效的沟通，了解其想法和态度，并根据实际情况调整处理措施。同时，也要向其他员工通报处理结果，以儆效尤。

综上所述，当公司发现员工存在收回扣的问题时，应通过内部调查、依据规章制度处理、法律途径处理以及完善制度与防范措施等多方面的努力来解决问题，并确保处理过程的合法合规性和公正性。