当老板发现员工拿回扣时，通常会从公司内部管理和法律两个层面来处理这一问题，以下是对此问题的详细解答：
一、公司内部管理层面
依章处分：
- 大多数公司都有明确的规章制度，禁止员工利用职务之便收取回扣，这被视为严重违纪行为。
- 根据情节的轻重，公司可能会给予员工警告、罚款、降职或辞退等处分。情节较轻的，可能会警告、罚款或扣绩效奖金；情节严重的，则可能直接解除劳动合同。
强化内部管理监督：
- 公司会借此机会审视并强化内部管理监督机制，完善廉洁制度，以防止类似事件再次发生。
- 这可能包括加强财务审计、建立更严格的审批流程、提高员工对廉洁行为的认识等。
二、法律层面
构成犯罪的可能性：
- 员工拿回扣可能构成非国家工作人员受贿罪（针对公司、企业或其他单位的工作人员）或受贿罪（针对国家工作人员）。
- 非国家工作人员受贿罪的立案标准是受贿数额在六万元以上不满一百万元；受贿罪的立案标准是受贿数额在三万元以上不满二十万元。
收集证据并报案：
- 如果公司怀疑员工拿回扣，会收集相关证据，如回扣记录、证人证言、银行转账记录等。
- 一旦证据确凿且数额达到立案标准，公司会向公安机关报案，让司法机关介入调查并追究员工的刑事责任。
民事赔偿：
- 除了刑事责任外，公司还有权要求员工返还回扣款项，并赔偿因此遭受的损失。
- 这可以通过民事诉讼来实现，公司需要提供充分的证据来证明员工的违法行为以及因此造成的损失。
三、综合处理建议
- 及时固定证据：公司一旦发现员工拿回扣，应立即采取措施固定证据，如保存相关文件、记录、通讯记录等。
- 依规依纪处理：根据公司的规章制度和法律法规，对涉事员工进行严肃处理，以维护公司的利益和声誉。
- 加强预防和教育：通过培训、宣传等方式提高员工对廉洁行为的认识，建立廉洁文化，减少类似事件的发生。
概括起来，当老板发现员工拿回扣时，会从公司内部管理和法律两个层面来处理这一问题，既会依章处分涉事员工，也会考虑是否构成犯罪并采取相应的法律措施。同时，公司还会借此机会加强内部管理监督和完善廉洁制度。