分公司开票总公司收钱在一定条件下是合法的，但需满足一系列法律与税务上的要求。以下是对此问题的详细分析：

一、合法性前提

1. 公司法规定：

   • 分公司作为总公司的分支机构，若已依法设立并领取营业执照，则在总公司授权范围内可从事经营活动，包括收款和开票。
   • 若分公司仅为总公司的内设机构或办事处，无独立法人资格和经营许可，则不具备直接收款和开票的权利。

2. 税法规定：

   • 税收管理中要求发票的开具与实际的交易活动、款项支付等保持一致（即“三流合一”）。
   • 总公司与分公司之间的收款和开票行为必须符合税务机关的管理要求，确保业务的真实性。

二、具体操作要点

1. 关于收款：

   • 总公司应书面委托分公司代为收取款项，并明确委托收款的范围、期限等关键事项。
   • 分公司在收款时，应确保款项最终归属总公司，且收款行为在总公司授权范围内进行。若客户已将款项汇入总公司账户，可考虑让总公司退款并由客户重新打款到分公司账户，或出具三方收款证明明确款项归属和流向，以避免三角债务关系。

2. 关于开票：

   • 增值税发票：
     • 若分公司与总公司位于同一县（市）且统一核算，分公司可以总公司名义开具发票。
     • 若分公司与总公司不在同一县（市），则分公司代总公司收款开票需符合相关增值税规定，双方应分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。
     • 分公司开票需有真实的业务基础，并确保发票内容与实际业务相符。
   • 其他发票：
     • 分公司开具其他类型发票（如普通发票）时，同样需基于真实发生的、与总公司相关的经济业务，并按照发票管理办法等规定进行开具和管理。

三、风险及注意事项

1. 税务风险：

   • 必须确保符合税务规定，避免被税务机关认定为虚开发票。
   • 应保留好相关业务合同、资金往来凭证、货物运输单据等资料，以证明业务的真实性。
   • 如违反税务规定，可能面临税务行政处罚，情节严重的还可能涉及刑事犯罪。

2. 法律文件完备性：

   • 总公司与分公司之间的委托协议等法律文件应完备，明确双方权利义务。
   • 在涉及第三方（如客户）时，应提供委托收款开票的相关证明文件，避免引起误解或不必要的法律纠纷。

四、实际操作建议

1. 建立完善的内部管理制度：

   • 确保收款和开票行为的真实性和合规性，降低潜在的法律和税务风险。

2. 加强沟通与协调：

   • 分公司和总公司之间需保持良好的沟通与协调，确保双方对财务处理流程有清晰的认识和一致的理解。

3. 咨询专业税务或财务人员：

   • 在处理复杂税务或财务问题时，建议咨询专业税务或财务人员，以确保操作的准确性和合法性。

总结来说，分公司开票总公司收钱在一定条件下是合法的，但具体实施时需综合考虑公司法、税法等多个方面的规定和要求。为确保合规性，建议企业在实施前对具体的业务模式、合同条款等进行详细的审查和评估。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。