公司因员工旷工而采取的某些行为可能违法，具体取决于公司的规章制度、处理程序以及旷工的具体情况。以下是对此问题的详细分析：
一、公司对旷工行为的合法处理方式
扣减工资：
- 根据《工资支付暂行规定》，员工旷工期间，公司可以不支付其旷工期间的工资。但扣除后的工资不得低于当地最低工资标准，以保障劳动者的基本生活需求。
依据规章制度解除劳动合同：
- 如果公司的规章制度中明确规定了旷工达到一定天数属于严重违反规章制度，并且该规章制度已经过民主程序制定、内容合法且已向劳动者公示或告知，那么公司可以依据《劳动合同法》第三十九条的规定，以劳动者严重违反用人单位规章制度为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
二、公司可能违法的情形
规章制度不合法或未公示：
- 如果公司的规章制度中关于旷工的规定不合法（如罚款金额过高、旷工定义不合理等），或者规章制度未经民主程序制定、未向劳动者公示或告知，那么公司依据该规章制度对员工进行处罚可能构成违法。
旷工事实认定不清：
- 如果公司缺乏充分证据证明员工旷工，如考勤记录不准确或员工有合理解释（如因病住院未能及时请假），则公司以此为由对员工进行处罚可能缺乏事实依据，构成违法。
未遵循法定程序：
- 公司在解除劳动合同时，应遵循法定程序，如提前通知员工、听取员工申辩、出具解除证明等。如果公司未遵循这些程序，即使员工确实存在旷工行为，公司的解除行为也可能构成违法。
三、实际案例与法律后果
实际案例：
- 例如，某公司《员工手册》规定连续旷工3天或累计旷工5天以上属于严重违纪，且该手册经职工代表大会通过并全员发放。若员工李某连续旷工5天，公司依据此规定解除其劳动合同，此行为合法。
- 反之，如果公司规章制度中规定迟到10分钟即算旷工并解除劳动合同，由于规定不合理，公司以此为由解除劳动合同则可能构成违法。
法律后果：
- 如果公司违法解除劳动合同，员工有权要求公司支付赔偿金，赔偿金的标准通常为经济补偿的两倍。同时，公司还可能面临劳动监察部门的处罚和声誉损失。
四、建议与注意事项
完善规章制度：
- 公司应确保规章制度合法、合理，并经过民主程序制定及公示。规章制度中应明确旷工的定义、后果及解除劳动关系的程序。
遵循法定程序：
- 在处理员工旷工行为时，公司应遵循法定程序，包括提前通知员工、听取员工申辩、出具解除证明等。
谨慎处理：
- 公司在行使解除权时应谨慎，避免滥用而引发劳动争议。在处理旷工行为时，公司应充分考虑员工的实际情况和合理解释。
综上所述，公司因员工旷工而采取的行为是否违法取决于公司的规章制度、处理程序以及旷工的具体情况。公司应确保规章制度合法、合理，并严格遵循法定程序，以保障自身权益并维护劳动关系的和谐稳定。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。