结论前置：第三方发工资的情况下，劳动者依然可以申请劳动仲裁，关键在于确认与用人单位或用工单位之间的劳动关系及具体争议内容。

一、第三方发工资与劳动关系的确认

在第三方发工资的场景中，通常涉及的是劳务派遣或人事外包等用工形式。劳动者虽由第三方（如劳务派遣单位）发放工资，但实际用工单位可能是另一家企业。此时，劳动关系的确认是申请劳动仲裁的前提。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，因确认劳动关系发生的争议属于劳动仲裁的受理范围。因此，劳动者若对与用人单位或用工单位之间的劳动关系存在争议，可以申请劳动仲裁进行确认。

二、可申请劳动仲裁的具体情形

即使工资由第三方发放，劳动者在以下情形下仍有权申请劳动仲裁：

1. 工资支付问题：

   • 若第三方未按劳动合同约定或法律规定足额支付工资，包括基本工资、加班工资、绩效奖金等，劳动者可以就差额部分申请仲裁。
   • 若第三方未按时支付工资，即使后来补发，劳动者仍可就逾期支付行为申请仲裁，要求支付赔偿金。

2. 其他劳动权益纠纷：

   • 社会保险缴纳：若第三方未依法为劳动者缴纳社会保险或存在少缴、漏缴等情况，劳动者可以申请仲裁要求补缴。
   • 劳动合同解除：若第三方违法解除劳动合同，或用工单位将劳动者退回第三方的程序不符合法律规定，劳动者可以申请仲裁要求支付经济补偿或赔偿金。
   • 劳动条件与保护：若用工单位提供的劳动条件不符合劳动合同约定或法律规定，如工作时间过长、劳动强度过大、未提供必要的劳动保护措施等，劳动者可以申请仲裁要求改善劳动条件或支付相应的补偿。

三、申请劳动仲裁的注意事项

1. 确定被申请人：

   • 若争议涉及劳动合同的签订、工资发放、社保缴纳等属于第三方法定义务的方面，应以第三方为被申请人。
   • 若争议涉及劳动条件、工作时间、劳动保护等在实际用工过程中发生的问题，劳动者可将第三方和用工单位列为共同被申请人。

2. 收集证据：

   • 劳动者应充分收集并整理相关证据材料，如劳动合同、工资条（即使由第三方发放，也应保留相关记录）、银行流水记录（显示工资发放情况）、考勤记录、加班通知、工作沟通记录等，以证明自己的主张。

3. 注意时效：

   • 劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。劳动者应确保自己的申请在法定的时效期限内。

四、实际案例与法律分析

假设某劳动者与一家劳务派遣公司签订劳动合同，被派遣至另一家企业工作，工资由劳务派遣公司发放。后因劳务派遣公司未足额支付加班工资，劳动者欲申请劳动仲裁。在此情况下，劳动者可以以劳务派遣公司为被申请人，就加班工资差额部分申请仲裁。同时，若劳动者认为用工单位在加班安排上存在过错，也可将用工单位列为共同被申请人，要求其承担连带责任。

综上所述，第三方发工资并不影响劳动者申请劳动仲裁的权利。劳动者在遇到劳动争议时，应充分利用劳动仲裁这一法定程序，及时、有效地维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。