公司将工资分开发放是否合法，需根据其发放目的及具体操作方式来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合法情形：

   • 合理商业安排：若公司因业务需要，如员工涉及多个项目或岗位，且各项目或岗位的薪酬结构、发放时间等存在差异，为清晰核算和管理，将工资分开发放，且确保所有发放的工资均依法申报并缴纳了相应税款，这种分开发放是合法的。
   • 员工同意且合规：若公司与员工协商一致，员工同意工资分开发放，且公司确保所有发放的工资均符合税法及劳动法律法规的规定，如按时足额支付、依法申报个税等，这种分开发放也是合法的。

2. 违法情形：

   • 避税目的：若公司以避税为目的，将工资分开发放以隐瞒或减少员工实际应税收入，导致少缴个人所得税，或虚增成本、费用以减少企业应纳税所得额，这种行为违反了《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，以及《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例，构成违法行为。
     • 法律后果：税务机关发现后，可责令限期改正，追缴少缴税款、滞纳金，并处以罚款（少缴税款百分之五十以上五倍以下）。若情节严重，达到逃税罪标准，相关责任人可能面临刑事责任。
   • 损害劳动者权益：若工资分开发放导致支付记录混乱，影响劳动者社保、公积金缴纳基数或经济补偿金计算等，损害了劳动者的合法权益，这种行为违反了《工资支付暂行规定》等劳动法律法规。
     • 法律后果：劳动者有权通过劳动仲裁或诉讼要求公司赔偿因此造成的损失。

建议：

• 公司角度：在处理员工薪酬时，应严格遵守税法及劳动法律法规，确保所有薪酬依法申报并缴纳相应税款。若因业务需要分开发放工资，应与员工充分沟通并取得其同意，同时确保发放方式的合规性。
• 员工角度：若发现公司工资分开发放存在违法情形，如避税、损害自身权益等，应及时与公司沟通协商，若协商无果，可向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自身权益。

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