季度考核方案扣罚远超底薪，这种做法一般是不合法的。以下从几个角度进行详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。这意味着，任何涉及劳动者切身利益的扣罚制度，都必须经过民主程序制定，并且内容要合法合理。
二、扣罚的合法性边界
扣罚比例限制：虽然法律没有直接规定扣罚的具体比例，但通常认为，扣罚的金额不应超过劳动者的当月工资的20%，且扣罚后的工资不得低于当地的最低工资标准。如果季度考核方案的扣罚远超底薪，很可能违反了这一原则。
合理性审查：除了比例限制外，扣罚制度还需要具备合理性。即扣罚的原因、方式、程度等应当与劳动者的行为性质、情节轻重以及造成的后果相适应。如果扣罚过于严厉，超出了合理范围，也可能被认定为不合法。
三、具体案例分析
假设某员工的底薪为3000元，而季度考核方案规定，如果未完成季度目标，将扣罚5000元。这种扣罚显然远超了员工的底薪，也超过了当月工资的20%（假设当月工资即为底薪），且扣罚后的工资很可能低于当地的最低工资标准。因此，这种扣罚制度是不合法的。
四、劳动者的权益保护
如果劳动者遇到季度考核方案扣罚远超底薪的情况，可以采取以下措施保护自己的权益：
与用人单位协商：首先可以尝试与用人单位进行协商，要求修改不合理的扣罚制度。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对用人单位的违法行为进行查处。
申请劳动仲裁：如果劳动监察部门未能解决问题，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣罚的工资以及可能的赔偿金。
总结与建议：季度考核方案扣罚远超底薪的做法一般是不合法的。劳动者在遇到这种情况时，应当积极维护自己的权益，通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来解决问题。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。