公司考核制度扣工资是否合法，需根据具体情况综合判断。以下是从多个角度进行的详细分析：
一、合法扣减工资的情形
制度依据合法且合理
- 制定程序：公司应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。这是确保制度合法性的基础。
- 内容合理：考核标准应明确、具体、可量化，与岗位职责紧密相关，避免主观臆断和模糊不清。
- 扣减幅度：扣减的工资部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。这是法律对扣减幅度的明确限制。
劳动合同中有明确约定
- 若劳动合同中明确规定了绩效考核及相应的工资扣减条款，且这些条款不违反法律法规，则公司依据此约定扣减工资是合法的。
基于劳动者过错
- 若劳动者因个人原因给公司造成经济损失，公司可按劳动合同约定要求其赔偿，但同样需遵守扣减幅度的限制。
二、违法扣减工资的情形
无制度依据或程序不合法
- 若公司未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，或制度未经民主程序制定，未向劳动者公示或告知，则公司无权擅自扣减劳动者的工资。
考核标准不明确或不合理
- 考核标准模糊不清，或设置过高几乎无法完成，以此为由扣减工资同样违法。这侵犯了劳动者的合法权益。
扣减幅度超标
- 扣减的工资部分超过当月工资的20%，或扣除后工资低于当地最低工资标准，均属违法。这违反了法律对扣减幅度的明确限制。
扣减基本工资
- 绩效工资应作为奖金部分独立存在，不应与基本工资挂钩。扣减基本工资构成克扣工资，属于违法行为。
三、法律后果与维权途径
法律后果
- 对于违法的扣减工资行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并承担相应的法律责任。
维权途径
- 与公司沟通协商：首先尝试与公司进行沟通，要求公司说明扣减工资的依据并提供相应证据。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对公司的扣减行为进行调查和处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，劳动者可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。
四、实际案例与法律解释
- 案例一：某公司制定了一套绩效考核制度，但未经职工代表大会讨论通过，也未向劳动者公示。后因员工绩效不达标，公司扣减了其工资。此行为因制度程序不合法而被认定为违法。
- 案例二：某劳动合同中明确约定了绩效工资的扣减规则，且规则合理合法。后因员工绩效不达标，公司按照约定扣减了其绩效工资。此行为因合同有明确约定且规则合法而被认定为合法。
总结与建议：
公司考核制度扣工资是否合法，关键在于考核制度的合法性、合理性以及扣减幅度的合规性。作为劳动者，应充分了解自己的权益和法律规定，以便在面对相关问题时能够采取合适的措施进行处理。若遭遇不合法扣减工资的行为，应积极与公司沟通协商，必要时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。