公司绩效考核扣工资在符合法律规定的条件下是合法的，但若违反相关法律规定则不合法。以下是对此问题的详细分析：
合法情形及条件
制度依据：
- 企业应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。绩效考核制度应明确考核标准、考核周期、考核结果的应用等关键内容。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
合同约定：
- 用人单位与劳动者签订的劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。若劳动合同中有“因劳动者未能达到绩效考核标准，用人单位可以扣减绩效工资”的类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则企业有权根据绩效考核结果扣减工资。
合理性与公正性：
- 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。
法律底线：
- 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。这是保障劳动者基本生活权益的重要底线。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
不合法情形及后果
无制度或合同依据：
- 若企业未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，则企业无权擅自扣减劳动者的工资。
考核过程不公正：
- 若绩效考核过程存在主观臆断、暗箱操作等行为，导致考核结果不公正，则企业基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。
违反法律底线：
- 若扣减后的工资低于当地最低工资标准，或扣减行为违反了其他法律法规的强制性规定，则企业的行为构成违法。
法律后果：
- 对于违法的扣减工资行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业补发工资并承担相应的法律责任。这可能包括支付赔偿金、恢复劳动关系等。
实际操作建议
- 劳动者：若认为公司绩效考核扣工资的行为不合法，首先应尝试与公司进行协商沟通，了解扣减工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。若协商无果，可向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。
- 用人单位：应制定合法、明确、合理的绩效考核制度，并确保该制度经过民主程序制定并向劳动者公示或告知。同时，在执行绩效考核时，应确保考核过程的公开透明和考核结果的客观公正，避免过度扣减工资导致劳动者收入过低。
综上所述，公司绩效考核扣工资是否合法取决于多个因素，包括制度依据、合同约定、合理性与公正性以及法律底线等。劳动者和用人单位都应了解并遵守相关法律法规，以确保自身权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。