结论：迟到扣50元后全勤奖还被扣掉，这通常取决于公司的具体规章制度。以下从不同角度为你详细分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 许多公司为了维护工作秩序和效率，会制定一系列的规章制度，其中就包括考勤制度。考勤制度中往往会明确规定迟到、早退、旷工等行为的处罚措施，以及全勤奖的发放条件。
   • 如果公司的规章制度中明确规定，迟到一次即扣除全勤奖，或者迟到达到一定次数后扣除全勤奖，那么公司按照此规定执行，扣掉你的全勤奖就是合理的。这是因为你在享受公司提供的全勤奖这一福利时，也应当遵守公司相应的规章制度。
   • 举例：假设公司规章制度规定，员工每月迟到不超过2次，不扣除全勤奖；迟到超过2次，则扣除当月全勤奖。如果你这个月迟到了3次，那么公司扣除你的全勤奖就是符合规定的。

2. 劳动合同和法律法规的角度：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了考勤制度和全勤奖的发放条件，那么双方都应当遵守。
   • 从法律法规的角度来看，虽然直接的法律条文可能并未明确规定迟到扣全勤奖的具体做法，但用人单位在制定规章制度时，应当遵循合法、合理、公平的原则，并且不得违反法律法规的强制性规定。如果公司的规章制度违反了法律法规或者劳动合同的约定，那么该规章制度可能是无效的，你也有权对此提出异议。
   • 举例：如果公司的规章制度中规定，无论迟到次数多少，都扣除全勤奖，并且这一规定并未在劳动合同中明确约定，同时也没有其他合理的解释或依据，那么这一规定可能因违反公平原则而被视为无效。

3. 实际操作和沟通的角度：

   • 在实际操作中，如果你对公司的考勤制度或全勤奖的扣除有疑问或不满，建议首先与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解具体的扣除原因和依据。
   • 如果沟通无果，或者你认为公司的做法违反了法律法规或劳动合同的约定，你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，比如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

建议：

• 在未来的工作中，建议你仔细阅读并了解公司的规章制度和劳动合同中的相关条款，以便更好地维护自己的权益。
• 如果遇到类似的问题，首先尝试与公司进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
• 如果沟通无果或问题无法得到妥善解决，可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（比如我，郑炜轩律师，专注于劳动工伤等领域，有问题可以直接向我咨询），以维护自己的合法权益。