公司设置全勤奖且对迟到另外扣钱，这一做法本身并不违法，但具体是否合理合法，需结合公司规章制度的具体内容以及劳动合同的约定来判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 全勤奖的合法性：

   • 全勤奖是公司为了鼓励员工按时出勤而设立的一种奖励制度。只要公司规章制度中明确规定了全勤奖的发放条件和标准，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司设置全勤奖就是合法的。

2. 迟到扣钱的合法性：

   • 迟到扣钱属于公司对员工违纪行为的处罚措施。根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，公司有权制定规章制度来规范员工的行为，并对违纪行为进行处罚。但是，这种处罚必须合理合法，不能违反法律法规的强制性规定，也不能侵犯员工的合法权益。
   • 具体来说，迟到扣钱需要满足以下条件：
     • 规章制度合法：公司规章制度必须经过民主程序制定，并且已经向员工公示或告知。如果规章制度未经民主程序制定或者未向员工公示，那么其中的处罚条款可能无效。
     • 处罚合理：迟到扣钱的金额必须合理，不能过高或过低。如果扣钱金额过高，可能构成对员工工资的克扣，违反《劳动法》中关于工资支付的规定。一般来说，扣钱金额不应超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
     • 劳动合同约定：如果劳动合同中明确约定了迟到扣钱的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照劳动合同约定扣钱也是合法的。

3. 实际操作中的建议：

   • 对于公司：在制定规章制度时，应确保规章制度合法合规，并且已经向员工公示或告知。同时，在设定全勤奖和迟到扣钱等条款时，应充分考虑员工的实际情况和合理诉求，确保处罚措施既能够起到激励作用，又不会侵犯员工的合法权益。
   • 对于员工：如果认为公司的处罚措施不合理或违法，可以与公司进行沟通协商，要求公司改正。如果沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

举例说明： 假设某公司规章制度规定，员工每月全勤可获得200元全勤奖，迟到一次扣50元。如果某员工当月迟到两次，那么公司可以扣除其100元作为迟到处罚，同时该员工因未全勤而无法获得全勤奖。这种做法在规章制度合法、处罚合理且劳动合同有约定的情况下是合法的。

总结：公司设置全勤奖且对迟到另外扣钱，这一做法本身并不违法。但具体是否合理合法，需结合公司规章制度的具体内容、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定来判断。如果你对此有疑问或认为公司的做法不合理，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。