结论：在符合法律规定及劳动合同、规章制度约定的情况下，因员工迟到扣全勤奖是合法的，但直接扣工资（超出全勤奖部分）需谨慎，需满足特定条件。

1. 全勤奖的性质与扣除

   • 全勤奖通常是用人单位为鼓励员工全勤而设立的一种奖励性工资，其发放与否一般与员工的出勤情况直接挂钩。如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了全勤奖的发放条件和扣除情形，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么员工迟到导致未达到全勤标准时，用人单位扣除全勤奖是合法的。

2. 迟到扣工资的合法性分析

   • 直接扣工资需谨慎：根据《工资支付暂行规定》及相关法律法规，用人单位不得随意克扣员工工资。工资是员工劳动的直接对价，除非因员工本人原因给用人单位造成经济损失，且该损失需从员工工资中扣除的，用人单位方可按照劳动合同的约定扣除工资，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 迟到与工资扣除的关系：迟到本身并不直接等同于给用人单位造成经济损失，因此，用人单位不能仅因员工迟到就直接扣除其工资（超出全勤奖部分）。如果用人单位希望因员工迟到而进行经济处罚，应当通过制定合理的规章制度，将迟到与绩效奖金、岗位津贴等其他非基本工资部分的发放挂钩，或者设定特定的迟到罚款条款（但需注意罚款金额的合理性及合法性，避免被认定为变相克扣工资）。

3. 规章制度的重要性

   • 无论用人单位是希望扣除全勤奖还是设定迟到罚款，关键在于要有合法、合理且经过民主程序制定的规章制度作为依据。规章制度应当明确告知员工，并经员工签字确认或通过其他合法方式公示，以确保其效力。

4. 建议与注意事项

   • 完善规章制度：用人单位应制定完善的考勤管理制度，明确全勤标准、迟到定义、全勤奖发放条件及扣除情形等，确保制度的合法性和合理性。
   • 合法合规操作：在扣除全勤奖或设定迟到罚款时，用人单位应确保操作合法合规，避免侵犯员工的合法权益。
   • 沟通与解释：对于因迟到而扣除全勤奖或面临其他处罚的员工，用人单位应及时进行沟通和解释，说明处罚的依据和理由，以维护良好的劳动关系。

总结：因员工迟到扣除全勤奖在符合法律规定及劳动合同、规章制度约定的情况下是合法的；但直接扣除工资（超出全勤奖部分）需谨慎处理，需满足特定条件且避免侵犯员工合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。