迟到是否要扣全勤工资，主要取决于劳动合同、员工手册或其他书面文件中的具体约定，以及这些约定是否合理且符合法律法规。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同与规章制度角度
- 有明确约定：如果员工与用人单位在劳动合同、员工手册或其他书面文件中明确规定了迟到属于影响全勤的情形，且全勤奖的发放条件包含全月无迟到等要求，那么该约定在不违反法律法规强制性规定的前提下是有效的。例如，员工手册中明确规定“当月出现任何迟到、早退、旷工情况的，不发放全勤奖”，此时用人单位扣除全勤奖具有明确依据。
- 约定不明确或不合理：若合同等文件对全勤奖的定义、发放条件，特别是迟到与全勤奖的关系没有清晰界定，或者规定过于苛刻（如迟到一分钟就扣除全勤奖），则用人单位不能随意以迟到为由扣除全勤奖。员工有权对不合理的规定提出异议，并要求用人单位进行合理解释或修改。
法律规定角度
- 法律无强制性规定：法律层面上并未对全勤奖作出强制性要求，它属于用人单位自主管理和薪酬福利分配的范畴。但用人单位在制定和执行全勤奖制度时，必须遵循公平合理、诚实信用原则，确保制度的公正性和合理性。
- 不能滥用扣奖权力：即使存在关于迟到扣全勤奖的规定，用人单位也不能滥用这一权力。例如，故意设置不合理的考勤考核标准，或恶意刁难员工以达到不发全勤奖的目的，这样的行为可能被视为违法。员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
实际操作与合理性角度
- 考虑迟到具体情形：在实际操作中，应考虑迟到的具体情形。对于偶尔迟到且有合理原因（如突发交通意外、身体不适等）的员工，用人单位可以酌情考虑不扣除全勤奖，体现人性化管理。而对于经常迟到且无正当理由的员工，用人单位扣除全勤奖则是合理的，这既是对遵守纪律员工的公平对待，也是维护正常工作秩序的必要措施。
- 规章制度制定程序：公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。规章制度的内容不得违反国家法律法规的规定，且应经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。只有这样，规章制度才具备法律效力，并能在实际操作中得到员工的认可和遵守。
总结与建议：
- 迟到是否扣全勤工资是一个综合考量的问题，既需要依据法律法规和劳动合同的约定，也需要考虑规章制度的合理性和实际操作的灵活性。
- 作为员工，应仔细阅读劳动合同和员工手册等文件，了解全勤奖的发放条件和扣除规定。如果认为用人单位扣除全勤奖的做法不合理或不合法，可以与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣奖依据。
- 如果协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。同时，也建议用人单位在制定相关规章制度时确保规定的合理性和合法性，并在执行过程中遵循人性化管理的原则，以维护良好的劳动关系。
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