将工业厂区住房改成商业公寓是否合法，需视具体情况而定，但总体来说，这一改造过程必须严格遵守相关法律法规和政策要求，否则可能面临违法风险。以下从多个角度为您详细分析：
一、规划与审批政策角度
规划调整要求：
- 改造项目必须符合城市总体规划和控制性详细规划。若所在区域规划中明确允许工业用地转变为居住或商服用地，且位于城市更新或优化区域内，则改造更有可能获得支持。
- 若不符合规划调整要求，擅自改造则属于违法行为，可能面临规划部门的处罚，包括责令停止建设、限期拆除或没收违法所得等。
审批流程：
- 改造项目需经过多部门联合审批，包括规划、住建、消防和环保等部门。具体流程包括向规划部门提出功能变更申请，住建部门审查改造设计方案，消防部门审核消防设计，环保部门评估环境影响等。
- 未经审批擅自改造的，同样属于违法行为，可能面临相关部门的联合执法和处罚。
二、土地政策角度
土地性质变更：
- 若厂房土地性质为工业用地，需转变为居住或商服用地。这通常涉及补缴土地出让金差价和办理土地性质变更手续。
- 若未办理土地性质变更手续，擅自改变土地用途的，属于违法行为，可能面临土地管理部门的处罚，包括罚款、收回土地使用权等。
土地使用年限调整：
- 随着土地性质改变，土地使用年限也会相应调整。改造后需确保土地使用年限符合相关规定。
- 若土地使用年限不符合规定，可能影响产权登记和后续使用，甚至面临法律纠纷。
三、建筑结构与改造要求角度
建筑结构安全性：
- 改造后的公寓必须符合建筑质量和安全标准。需对厂房原有结构进行评估和加固，确保满足居住功能的承载要求。
- 若改造后建筑结构存在安全隐患，可能面临住建部门的处罚，包括责令整改、罚款等，甚至可能引发安全事故，承担法律责任。
居住配套设施完善：
- 改造过程中需完善各类配套设施，如给排水、供电、供气、通信等基础设施，以及公共活动空间、停车位等。
- 若配套设施不完善，可能影响居住舒适度和安全性，甚至可能因违反相关规定而面临处罚。
四、运营管理政策角度
产权与租赁管理：
- 改造后的公寓产权归属及租赁管理受到严格监管。部分城市允许分割销售，但对销售对象和销售方式有明确规定；更多城市倾向于以租赁方式运营，对租赁期限、租金标准进行规范。
- 若违反产权与租赁管理规定，可能面临相关部门的处罚，包括罚款、没收违法所得等。
安全与卫生管理：
- 运营方需建立健全安全管理制度，包括消防安全、治安安全等。同时，需满足卫生管理要求，确保环境卫生和饮用水安全等符合标准。
- 若安全与卫生管理不到位，可能面临相关部门的处罚，甚至可能引发安全事故或公共卫生事件，承担法律责任。
五、实际操作建议
- 咨询当地政府部门：在进行厂房改公寓的改造之前，务必咨询当地的规划、住建、消防和环保等部门，以获取最准确、最权威的政策信息和法律指导。
- 委托专业机构进行评估和设计：改造前需委托专业机构对厂房原有结构进行评估和加固设计，确保改造后的建筑结构安全可靠。
- 完善配套设施：按照相关规定完善各类配套设施，确保居住舒适度和安全性。
- 关注政策变化：由于政策环境和法律法规的不断变化，具体的政策内容和要求也可能会有所调整。因此，需密切关注政策变化，及时调整改造方案并应对可能出现的风险和挑战。
若您有具体的改造计划或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。