结论前置：公司跟员工协商解除劳动合同，但约定经济补偿金三个月之后发放，这一做法是否违法需分情况讨论。
若双方协商一致且约定合法：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿的支付时间，法律并未作出强制性规定，而是允许双方通过协商来确定。
- 因此，如果双方在协商解除劳动合同的过程中，就经济补偿金的支付时间达成了合意，且该合意不违反法律法规的强制性规定，也不损害劳动者的合法权益，那么这种约定是合法的。在这种情况下，公司约定经济补偿金三个月之后发放，并不违法。
若约定存在违法情形或损害劳动者权益：
- 如果双方在协商过程中，公司利用其优势地位，迫使劳动者接受不合理的经济补偿金支付时间，或者该约定明显损害了劳动者的合法权益（如劳动者因经济困难急需经济补偿金来维持生活等），那么这种约定可能因违反公平、诚实信用等原则而被认定为无效。
- 另外，如果公司在约定支付经济补偿金的同时，还附加了其他不合理的条件（如要求劳动者在离职后一段时间内不得从事与原公司业务相竞争的工作等），且这些条件与经济补偿金的支付无直接关联，那么这种约定也可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。
- 在这些情况下，公司约定经济补偿金三个月之后发放，就可能构成违法。
法律建议：
- 对于劳动者而言，在协商解除劳动合同时，应仔细阅读并理解合同条款，特别是关于经济补偿金的支付时间、方式等条款。如果认为公司的约定不合理或损害了自己的合法权益，可以与公司进行协商修改，或者拒绝签订该合同。
- 如果双方无法就经济补偿金的支付时间等问题达成一致意见，劳动者可以向当地的劳动争议调解组织申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司的约定被认定为合法有效，那么劳动者需要按照约定等待经济补偿金的发放。如果公司未按约定支付经济补偿金，劳动者可以依法向公司追讨。
- 如果公司的约定被认定为违法或无效，那么劳动者有权要求公司立即支付经济补偿金，并可能因此获得额外的赔偿或补偿。
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