结论：员工代打卡，公司一般不可以直接扣除双方工资，但可以依据公司规章制度对涉事员工进行相应处理。

分析说明：

1. 工资扣除的合法性：

   • 根据《劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意扣除。除非劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 代打卡行为虽然违反了公司规章制度，但并未直接给公司造成经济损失（除非能证明因代打卡导致了具体损失），因此，公司直接扣除双方工资的做法可能缺乏法律依据。

2. 公司规章制度的适用性：

   • 公司可以制定规章制度来规范员工的行为，包括打卡制度。如果规章制度中明确规定了代打卡的处罚措施，如警告、罚款（但罚款金额需合理，且不得违反上述工资扣除的限制）、解除劳动合同等，公司可以依据这些规定对涉事员工进行处理。
   • 然而，规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示，才能对员工产生约束力。如果规章制度存在违法或不合理之处，员工有权拒绝遵守，并可能因此向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

3. 代打卡行为的法律后果：

   • 代打卡行为可能构成欺诈，违反了诚实信用原则。如果公司因此遭受了损失（如因员工未实际出勤而支付了工资、奖金等），公司可以要求涉事员工承担赔偿责任。
   • 但这种赔偿责任通常是通过民事诉讼或劳动仲裁来解决的，而不是直接通过扣除工资来实现。

法律建议：

• 对于公司：

  • 制定合法、合理的规章制度，明确代打卡等违规行为的处罚措施。
  • 加强员工培训，提高员工对规章制度的认识和遵守意识。
  • 在发现代打卡行为时，及时收集证据，并依据规章制度进行处理。如果涉及解除劳动合同等严重处罚，应确保程序合法、证据充分。

• 对于员工：

  • 遵守公司的规章制度，诚实守信地履行工作职责。
  • 如果对公司的处罚决定有异议，可以与公司协商解决或向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司直接扣除员工工资作为代打卡的处罚，可能面临被员工投诉或提起劳动仲裁的风险，且可能因违法扣除工资而承担法律责任。
• 如果公司依据合法、合理的规章制度对涉事员工进行处理，且程序合法、证据充分，则通常能够维护公司的合法权益。

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