结论前置：营业执照上的经营者与实际经营者不一致时，是否能确定劳动关系，需根据具体情况综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、营业执照登记经营者与实际经营者不一致时的劳动关系认定原则
名义与实际分离原则：
- 在商业实践中，营业执照上的经营者（名义经营者）与实际经营者（实际控制或管理企业的人）可能因各种原因（如借名经营、挂靠经营等）不一致。
- 劳动关系的认定，原则上应依据实际用工关系，即谁实际雇佣劳动者、谁实际管理劳动者、谁实际支付劳动报酬等关键因素。
实际用工关系优先原则：
- 根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，劳动关系的认定主要依据用人单位与劳动者之间是否存在实际用工关系。
- 即使营业执照上的经营者与实际经营者不一致，只要实际经营者与劳动者之间存在实际用工关系，即可认定双方存在劳动关系。
二、不同情况下的劳动关系认定
借名经营情况：
- 若名义经营者（营业执照上的经营者）将营业执照借给他人使用，实际经营者以名义经营者的名义进行经营活动，并雇佣劳动者。
- 在此情况下：若劳动者知道或应当知道实际经营者的身份，且实际经营者对劳动者进行实际管理并支付劳动报酬，则劳动者与实际经营者之间存在劳动关系。名义经营者若未参与实际经营，则一般不承担劳动关系下的责任。
挂靠经营情况：
- 挂靠经营是指个人或单位（挂靠方）以其他有资质的单位（被挂靠方）的名义从事经营活动，并向被挂靠方支付一定费用。
- 在此情况下：若挂靠方雇佣劳动者并以其名义进行经营活动，则劳动者与挂靠方之间存在劳动关系。被挂靠方若未参与实际经营，且未对劳动者进行实际管理或支付劳动报酬，则一般不承担劳动关系下的责任。但若被挂靠方对挂靠方的经营活动进行了实际管理或控制，则可能需承担连带责任。
内部承包或分包情况：
- 在企业内部承包或分包的情况下，若承包方或分包方以企业的名义进行经营活动，并雇佣劳动者。
- 在此情况下：若劳动者知道或应当知道其实际是为承包方或分包方工作，且承包方或分包方对劳动者进行实际管理并支付劳动报酬，则劳动者与承包方或分包方之间存在劳动关系。企业若未参与实际经营或管理，则一般不承担劳动关系下的责任。但若企业存在过错（如未尽到监管责任等），则可能需承担相应的法律责任。
三、法律建议
对于劳动者：
- 在入职时，应仔细了解用人单位的实际经营情况和用工关系，确保与实际经营者签订劳动合同或形成事实劳动关系。
- 若发现营业执照上的经营者与实际经营者不一致，应及时要求实际经营者明确用工关系，并保留相关证据（如工作证、工资条、考勤记录等）。
对于名义经营者和实际经营者：
- 名义经营者应谨慎出借营业执照，避免因此承担不必要的法律责任。
- 实际经营者应依法与劳动者签订劳动合同或形成事实劳动关系，并履行用人单位的法定义务（如支付劳动报酬、提供劳动保护等）。
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