合同中约定单方指定仲裁员的条款，在一般情况下是无效的。以下是对这一问题的详细分析：
仲裁员指定的基本原则
在仲裁程序中，仲裁员的指定通常遵循公平、公正和双方协商的原则。仲裁庭的组成应当确保双方当事人有平等的机会参与仲裁过程，并保障仲裁的公正性和独立性。因此，单方指定仲裁员的条款往往违背了这些基本原则。
无效的情形及理由
违反公平原则：
- 单方指定仲裁员意味着一方当事人独自决定了仲裁庭的组成，这显然对另一方当事人不公平。仲裁程序应当是一个双方平等参与的过程，单方指定仲裁员破坏了这种平衡。
可能影响仲裁公正性：
- 如果仲裁员是由一方当事人单独指定的，那么该仲裁员在裁决时可能会受到指定方的影响或偏见，从而损害仲裁的公正性和独立性。仲裁的公正性是其核心价值之一，任何可能损害公正性的行为都应当被视为无效。
不符合仲裁规则或法律规定：
- 大多数仲裁规则和法律规定都要求仲裁庭的组成应当经过双方当事人的协商或同意。单方指定仲裁员的条款往往与这些规则或法律相悖，因此是无效的。例如，根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁庭的组成应当符合法定程序，并确保双方当事人的平等参与。
实践中的建议
为了避免因仲裁员指定问题而引发的争议，建议在签订合同时，双方应当协商确定仲裁庭的组成方式，并明确写入合同中。以下是一些具体的建议：
- 明确仲裁庭的组成方式：合同中可以约定由双方当事人共同选定一名或多名仲裁员，或者约定由某个仲裁机构根据其规则指定仲裁员。这样既能保障双方当事人的平等参与，又能确保仲裁庭的公正性和独立性。
- 避免单方指定仲裁员的条款：在签订合同时，应当避免写入任何单方指定仲裁员的条款。这样的条款不仅可能无效，还可能引发不必要的争议和纠纷。
- 咨询专业律师：在签订涉及仲裁条款的合同时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的建议，帮助双方当事人制定合法、有效的仲裁条款。
可能的法律后果
如果合同中约定了单方指定仲裁员的条款，并且该条款被认定为无效，那么双方当事人可能需要通过其他方式来解决争议，如诉讼或重新协商仲裁条款。这不仅会增加解决争议的成本和时间，还可能对双方当事人的关系造成进一步的损害。
综上所述，合同中约定单方指定仲裁员的条款在一般情况下是无效的。为了保障仲裁程序的公正性和独立性，以及避免不必要的争议和纠纷，建议在签订合同时双方协商确定仲裁庭的组成方式，并明确写入合同中。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。