结论前置：合同中约定单方指定仲裁员的仲裁协议，其有效性需根据具体情况判断。若该约定违反了仲裁的自愿、公平、明确性原则，或导致仲裁机构选择的不确定性，则可能导致仲裁协议无效。
一、仲裁协议有效的基本条件
有效的仲裁协议应当满足以下几个基本条件：
- 双方自愿：仲裁协议必须是双方当事人真实意思的表示，不能是一方强迫另一方接受的。
- 明确具体：仲裁协议中应明确指出纠纷发生后，将向哪一具体的仲裁机构申请仲裁，仲裁事项的范围也应明确界定。
- 不违反法律强制性规定：仲裁协议的内容不得违反法律的强制性规定，如仲裁事项不得超出法律允许仲裁的范围。
二、单方指定仲裁员可能导致的无效情形
违反自愿原则：
- 如果仲裁协议中约定由一方当事人单方指定仲裁员，而另一方当事人对此并不知情或不同意，这种约定可能违反了仲裁的自愿原则。仲裁应当基于双方的共同意愿，而非单方面的决定。
导致仲裁机构选择的不确定性：
- 单方指定仲裁员可能导致仲裁机构选择的不确定性。如果指定的仲裁员不属于任何具体的仲裁机构，或者指定的方式无法确保仲裁机构的明确性，那么这种约定可能因违反仲裁的明确性原则而无效。
违反仲裁的公平原则：
- 仲裁应当是一个公平、公正的过程。如果一方当事人有权单方指定仲裁员，而另一方当事人没有相应的权利，这可能导致仲裁过程中的不公平，从而影响仲裁协议的效力。
三、实践建议
为了避免因仲裁协议约定不明或无效而引发的争议，建议在签订合同时，务必做到以下几点：
- 确保双方自愿：仲裁协议必须是双方当事人共同协商、自愿达成的。
- 明确仲裁机构和仲裁事项：在仲裁协议中明确指出纠纷发生后将向哪一具体的仲裁机构申请仲裁，并明确界定仲裁事项的范围。
- 避免单方指定仲裁员：不要约定由一方当事人单方指定仲裁员，而是应该通过双方共同协商或按照仲裁规则来选定仲裁员。
- 审查仲裁协议的合法性：在签订合同前，仔细审查仲裁协议的内容，确保其不违反法律的强制性规定。
四、法律后果
如果仲裁协议因单方指定仲裁员而无效，那么双方当事人将无法通过仲裁来解决纠纷。在这种情况下，双方应按照法定管辖原则，向人民法院提起诉讼以解决争议。
总结与建议：合同中约定单方指定仲裁员的仲裁协议，其有效性需根据具体情况判断。为了避免因仲裁协议无效而引发的争议，建议双方当事人在签订合同时务必确保仲裁协议的自愿性、明确性和合法性。如果您在合同签订或仲裁协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。