用人单位扣着员工的工伤认定不办理，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
与用人单位协商：
- 首先，员工可以尝试与用人单位进行友好协商，了解用人单位扣着工伤认定不办理的具体原因，并尝试达成共识，促使用人单位尽快办理工伤认定。
向劳动保障行政部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动保障行政部门（如劳动监察大队）进行投诉。根据《工伤保险条例》的相关规定，用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。同时，劳动保障行政部门有责任对用人单位的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果投诉后问题仍未得到解决，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位承担相应的法律责任，包括办理工伤认定、支付工伤待遇等。
- 若对劳动仲裁结果不满，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径来维护自己的合法权益。
在处理此类问题时，员工需要注意以下几点：
- 保留证据：员工应妥善保留与工伤相关的所有证据，如医疗记录、事故报告、证人证言等，以便在需要时提供证明。
- 了解法律程序：员工应了解工伤认定的法律程序和时限，确保自己的权益不受损害。例如，工伤认定申请应在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内提出。
- 寻求专业帮助：在处理复杂的劳动工伤问题时，员工可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
若用人单位扣着工伤认定不办理，可能面临的法律后果包括：
- 行政处罚：劳动保障行政部门可以对用人单位进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
- 民事赔偿：用人单位可能因未办理工伤认定而承担工伤职工的医疗费用、伤残津贴等民事赔偿责任。
- 刑事责任：在极端情况下，如果用人单位的行为构成犯罪（如故意伤害罪等），还可能承担刑事责任。不过，这种情况较为罕见，且需要具体案件具体分析。
举例说明：
假设某员工在工作中受伤，但用人单位一直扣着工伤认定不办理。员工可以先与用人单位协商，了解原因并尝试达成共识。如果协商无果，员工可以向当地的劳动保障行政部门投诉，并提供相关证据。劳动保障行政部门将进行调查，并根据调查结果对用人单位进行相应的处理。如果问题仍未得到解决，员工还可以申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的权益。
总之，面对用人单位扣着工伤认定不办理的情况，员工应积极采取措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。