结论：公司部门裁撤，有孕妇协商调岗但拒绝调岗的情况下，公司不能单方面解除与孕妇的劳动合同，否则可能构成违法解除，需承担相应的法律责任。以下从多个角度进行分析：
一、孕妇的特殊保护
根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在孕期、产期、哺乳期内，享有特殊的法律保护。具体来说，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。这是为了保障女职工的合法权益，确保她们在特殊时期能够得到应有的关怀和保障。
二、公司部门裁撤与调岗的合法性
部门裁撤的合法性：公司因经营需要或组织架构调整等原因，可以裁撤某些部门。但这一行为必须合法合规，不能违反相关法律法规的规定，也不能损害员工的合法权益。
调岗的合法性：在部门裁撤的情况下，公司可以与员工协商调岗。但调岗必须基于合理的理由，且不能违反法律法规的强制性规定。同时，调岗应当尊重员工的意愿，不能强制员工接受不合理的调岗安排。
三、孕妇拒绝调岗的处理方式
协商沟通：公司应当与孕妇进行充分的协商沟通，了解其拒绝调岗的具体原因和诉求。如果孕妇有合理的理由拒绝调岗，公司应当予以尊重，并尝试寻找其他合理的解决方案。
不得违法解除：如果孕妇拒绝调岗，公司不能单方面解除与其的劳动合同。否则，公司可能构成违法解除，需要承担相应的法律责任，包括支付赔偿金等。
提供必要支持：公司应当为孕妇提供必要的支持和帮助，如提供适合孕妇的工作岗位、调整工作强度等，以确保孕妇在孕期能够得到充分的休息和保障。
四、可能的法律后果
如果公司违法解除与孕妇的劳动合同，孕妇有权向劳动仲裁机构或法院提起仲裁或诉讼，要求公司支付赔偿金等。赔偿金的计算通常根据孕妇在公司的工作年限、工资水平等因素来确定。具体来说，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位违法解除劳动合同的，应当按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿的标准则根据劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
建议：公司应当尊重孕妇的合法权益，在部门裁撤或调岗时，与孕妇进行充分的协商沟通，并尝试寻找合理的解决方案。如果孕妇拒绝调岗，公司不能单方面解除与其的劳动合同，而应当提供必要的支持和帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。