劳动者在违法辞退后，即便已与公司以协议形式支付了部分补偿金，仍然有权通过仲裁主张赔偿。以下从不同角度为您详细分析：
法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因除名、辞退和辞职、离职发生的争议属于劳动争议调解仲裁法的适用范围。这意味着，劳动者与用人单位之间因辞退产生的纠纷，包括违法辞退的赔偿问题，都可以通过劳动仲裁来解决。同时，《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条明确规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。这为劳动者在违法辞退后主张赔偿提供了明确的法律依据。
具体情形分析
违法辞退的赔偿金问题：
- 若用人单位违法辞退劳动者，即无合法理由或未遵循法定程序解除劳动合同，劳动者有权要求用人单位支付赔偿金，赔偿金标准为经济补偿标准的二倍。
- 即便双方已签署协议并支付了部分补偿金，若该补偿金低于法定赔偿金标准，劳动者仍有权通过仲裁要求用人单位补足差额。例如，若劳动者应得赔偿金为2万元，但协议中仅约定支付1万元，劳动者可申请仲裁要求补发剩余的1万元。
协议的有效性及争议：
- 双方签署的协议若存在欺诈、胁迫、乘人之危等违背真实意思表示的情况，或协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，该协议可能被认定为无效或可撤销。在此情况下，劳动者有权通过仲裁主张原应享有的权益。
- 若协议中未涉及某些劳动争议事项，如未休年休假工资、加班工资等，劳动者仍可就这些事项申请仲裁。
法律建议与行动指南
收集证据：
- 劳动者应收集与违法辞退相关的证据，如辞退通知、工资单、工作记录、与用人单位的沟通记录等，以证明用人单位的违法辞退行为及自己的损失。
- 若双方已签署协议，劳动者应保留协议原件，并仔细审查协议内容，确保自己的权益得到充分保障。
申请仲裁：
- 劳动者应在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内，向当地劳动仲裁委员会提交书面仲裁申请书，并按被申请人人数提交副本。
- 申请书应包含劳动者的基本信息、仲裁请求、事实与理由、证据等内容。劳动者应确保申请书内容真实、准确、完整，以便仲裁委员会能够全面了解争议情况。
寻求法律援助：
- 若劳动者在仲裁过程中遇到困难或疑问，可寻求专业律师的帮助。律师能够提供专业的法律意见和指导，帮助劳动者更好地维护自己的合法权益。
可能的法律后果
- 若仲裁委员会认定用人单位存在违法辞退行为，且劳动者提出的赔偿请求合理合法，仲裁委员会将裁决用人单位支付赔偿金及可能的其他补偿。
- 若用人单位拒不履行仲裁裁决，劳动者可向人民法院申请强制执行，以维护自己的合法权益。
综上所述，劳动者在违法辞退后，即便已与公司以协议形式支付了部分补偿金，仍然有权通过仲裁主张赔偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。