结论前置：离职补偿协议中约定劳动者如果仲裁需承担违约金，这样的条款一般是无效的，劳动者无需因此而担忧支付违约金的问题。下面我将从多个角度为你详细分析。
法律背景与规定
违约金约定的限制：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者在劳动合同中约定违约金的情形是受到严格限制的。通常，只有在两种情况下可以约定违约金：一是用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训，并约定服务期的；二是用人单位与劳动者约定竞业限制条款的。
- 在离职补偿协议中，如果约定劳动者因仲裁而需承担违约金，这并不属于上述可以约定违约金的法定情形。因此，这样的条款在法律上是站不住脚的。
仲裁是劳动者的合法权利：
- 劳动者与用人单位之间发生劳动争议时，向劳动仲裁机构申请仲裁是劳动者的合法权利。这是劳动者维护自身权益、解决劳动争议的重要途径。
- 如果因为劳动者行使这一合法权利而要求其承担违约金，显然是对劳动者权利的侵犯，也是不合法的。
法律后果与建议
条款无效：
- 由于上述原因，离职补偿协议中约定劳动者如果仲裁需承担违约金的条款是无效的。劳动者无需因此而担忧支付违约金的问题。
劳动者应对策略：
- 如果用人单位在离职补偿协议中加入了这样的条款，劳动者可以明确指出其违法性，并拒绝签署或要求修改。
- 如果已经签署了这样的协议，劳动者在面临仲裁时也无需担心违约金的问题。因为这样的条款在法律上是无效的，不会得到仲裁机构或法院的支持。
用人单位风险提示：
- 对于用人单位而言，在离职补偿协议中加入这样的条款不仅无法起到约束劳动者的作用，反而可能引发劳动者的反感，甚至导致劳动争议的发生。
- 用人单位应当遵守法律法规，尊重劳动者的合法权利，通过合法、合理的方式与劳动者协商解决离职补偿等问题。
实际案例与参考
- 在实际案例中，已经有多起因为离职补偿协议中约定劳动者仲裁需承担违约金而引发的劳动争议。在这些案例中，仲裁机构或法院均认定这样的条款无效，并支持了劳动者的仲裁请求。
总结与建议：离职补偿协议中约定劳动者如果仲裁需承担违约金的条款是无效的。劳动者在面对这样的条款时，应当明确指出其违法性，并拒绝签署或要求修改。如果已经签署了这样的协议，也无需担心违约金的问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。