当遇到付款单位和合同主体不一致的情况时，这确实是一个需要谨慎处理的问题，因为它可能涉及到合同效力、履行、税务及欺诈等多方面的法律风险。以下是我为您提供的详细处理建议：

一、核实情况并明确原因

首先，您需要与合同对方进行沟通，核实付款单位与合同主体不一致的具体原因。这可能是由于代理关系、委托关系、债权转让或是其他业务调整导致的。在沟通过程中，要求对方提供相关的证明文件，如代理协议、委托书、债权转让协议等，以确保其合法性和有效性。

二、审查合同条款

接下来，仔细审查合同中的相关条款，特别是关于付款和收款主体的约定。如果合同中已经明确规定了在这种情况下应如何处理，那么双方应严格按照合同约定执行。如果合同中没有相关规定，或者规定不够明确，那么您需要与对方协商并达成一致意见。

三、签订补充协议或代付协议

为了确保交易的合法性和安全性，我建议您与对方签订一份补充协议或代付协议。在协议中，应明确说明原合同的相关信息、付款单位与合同主体不一致的具体情况（包括新付款单位的名称、账号、开户行等），并约定以补充协议或代付协议为准对付款事宜进行调整。这样，即使未来出现纠纷，您也有明确的法律依据来维护自己的权益。

四、加强审核与监管

在交易过程中，您需要加强对付款行为的审核与监管。确保付款单位确实有权代表合同主体进行付款，并且付款金额、用途等与合同约定一致。同时，保留好所有相关的付款凭证和沟通记录，以备不时之需。

五、防范法律风险

1. 履约证明：确保您有足够的证据证明付款与合同的关联性，如签订代付协议或获取合同对方的书面确认。
2. 款项追讨：如果可能，在代付协议中明确约定款项追讨的方式和责任承担，以降低追讨风险。
3. 税务合规：确保交易符合税务法规的要求，避免因付款单位与合同主体不一致而引发的税务风险。
4. 欺诈防范：警惕可能的欺诈行为，如虚构交易、套取资金等。如果发现任何可疑情况，应立即停止交易并咨询专业律师。

六、咨询专业律师

在处理这类复杂问题时，我建议您及时咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助，确保您的交易合法合规，并降低由此带来的法律风险。

综上所述，处理付款单位和合同主体不一致的问题需要谨慎而细致。通过核实情况、审查合同、签订补充协议、加强审核与监管以及防范法律风险等措施，您可以有效地降低由此带来的风险和问题，确保交易的安全顺利进行。